LXL04_026320 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026320

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 124842440-124845015 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1245 bp · LXL04_026320|LXL04_026320|OH1004|cDNA

ATGGGACGAGGAATAGCAGAAGAGGCGCTAGTACTTGTTCGTAGAAGGCTTTGCGATCCCAATTTCATCTTCTCCCTCTTCTCCGATTCTTCCGATAGCAACTACAGCAAGTTGAAATTTATCGTGTCAAGTTCAGTAACCGAGGCCTGTAACAACTCGATACTGCTCCTGGGACCCCGTGGATGTGGGAAAATTGCGGTATTGGACCTTGTTCTAGAGGATTTGCTTAAAGAATACCCTGAAATGATCACAGtgATTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · LXL04_026320|LXL04_026320|OH1004|CDS

ATGGGACGAGGAATAGCAGAAGAGGCGCTAGTACTTGTTCGTAGAAGGCTTTGCGATCCCAATTTCATCTTCTCCCTCTTCTCCGATTCTTCCGATAGCAACTACAGCAAGTTGAAATTTATCGTGTCAAGTTCAGTAACCGAGGCCTGTAACAACTCGATACTGCTCCTGGGACCCCGTGGATGTGGGAAAATTGCGGTATTGGACCTTGTTCTAGAGGATTTGCTTAAAGAATACCCTGAAATGATCACAGTGATTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · LXL04_026320|LXL04_026320|OH1004|PROTEIN

MGRGIAEEALVLVRRRLCDPNFIFSLFSDSSDSNYSKLKFIVSSSVTEACNNSILLLGPRGCGKIAVLDLVLEDLLKEYPEMITVIKLNGLLHCDDNCALKEIARQLCIEHELMFSKMASFDDNSQFMIAMLRECGLAHKTVIFILDEFDLFAQGKQRLLYSLLDAMQSVTSQAVVIGVSCRLDADQLLEKRVRSRFSHRKLLFHPPSKDDIQRLLKHILQLPTDSTLPHDYVTKFNSKISSILADKRFMEVVDKLSDSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026320`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026320

位置 Chr05:124842440-124845015 (-)

描述 Similar to ORC4: Origin of replication complex subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01120`	起始识别复合体（ORC）的组成部分，结合复制起点。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0683400`	起始识别复合体（ORC）的组成部分，结合复制起点。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026320 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0040038 polar body extrusion after meiotic divisions 生物过程

GO:0051258 protein polymerization 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0000808 origin recognition complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005664 nuclear origin of replication recognition complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01120

bta:529245

cge:100689043

dosa:Os01g0683400

hsa:5000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.743

排名 1 · LXL04_026320 · OH-1004

细胞质0.300

排名 2 · LXL04_026320 · OH-1004

线粒体0.033

排名 3 · LXL04_026320 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_026320 · OH-1004

高尔基体0.015

排名 5 · LXL04_026320 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13191.13AAA_1646-171 aa

PF13401.13AAA_2252-178 aa

PF00004.36AAA54-200 aa

PF14629.13ORC4_C215-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026320	`PF13191.13`	AAA_16	46	171	8e-08	33.7
LXL04_026320	`PF13401.13`	AAA_22	52	178	9.3e-06	26.7
LXL04_026320	`PF00004.36`	AAA	54	200	1.2e-06	29.7
LXL04_026320	`PF14629.13`	ORC4_C	215	400	6e-37	127.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6EWX1`	拟南芥	Origin of replication complex subunit 4	62.440%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N8Q4`	水稻	Origin of replication complex subunit 4	56.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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