LXL04_026235 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026235

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 123549727-123554180 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1422 bp · LXL04_026235|LXL04_026235|OH1004|cDNA

ATGGAATTTGGAAGAAGGGAAGACGCGTTCGttcttcttcgtcttcattTCGGCAGCTTCAAGAACAACACCCAGTTTCTCTCTTTTCCCGTTTGTTCCTTCTTTCTCCACCGCGACAGCCTAGAAGCTCCACCATTTTTCACCGTTCGTCTCCATCTCTCCACCCCGGTGTTCAACCTGGAGGCCAGCGAACGTCTTCGGGAGCAGCGAGTAACCTCCGGGAGGTCGGAAGTCCGCCGGGTTGCAGCGAACACTACAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1422 bp · LXL04_026235|LXL04_026235|OH1004|CDS

ATGGAATTTGGAAGAAGGGAAGACGCGTTCGTTCTTCTTCGTCTTCATTTCGGCAGCTTCAAGAACAACACCCAGTTTCTCTCTTTTCCCGTTTGTTCCTTCTTTCTCCACCGCGACAGCCTAGAAGCTCCACCATTTTTCACCGTTCGTCTCCATCTCTCCACCCCGGTGTTCAACCTGGAGGCCAGCGAACGTCTTCGGGAGCAGCGAGTAACCTCCGGGAGGTCGGAAGTCCGCCGGGTTGCAGCGAACACTACAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

473 aa · LXL04_026235|LXL04_026235|OH1004|PROTEIN

MEFGRREDAFVLLRLHFGSFKNNTQFLSFPVCSFFLHRDSLEAPPFFTVRLHLSTPVFNLEASERLREQRVTSGRSEVRRVAANTTRNIAFRDERFRDNNNHPISASQTSSSLDAYSPATTYDVKVMHCQSATSIAYSPSEICFTSRFQHCSTTWTPAKLLLPFDASGHLYSLISADDTVIKFDDRNGFQKFEKIKNSSRQSRQPEELIGKMRECKRLIKEFDREVKDLKHTVKELNSYVALKKHNIENKRVDLFGGPVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026235`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026235

位置 Chr05:123549727-123554180 (-)

描述 Similar to NPSN11: Novel plant SNARE 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35190`	t-SNARE，参与多种囊泡运输和膜融合过程，包括细胞板形成。	暂无已核实直接文献
`At1g48240`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g17440`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g75850`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
`At2g17790`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Loss-of-function mutations of retromer large subunit genes suppress the phenotype of an Arabidopsis zig mutant that lacks Qb-SNARE VTI11.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.069294

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026235 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005770 late endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48240

ath:AT1G75850

ath:AT2G17790

ath:AT2G35190

ath:AT3G17440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.376

排名 1 · LXL04_026235 · OH-1004

细胞核0.323

排名 2 · LXL04_026235 · OH-1004

线粒体0.190

排名 3 · LXL04_026235 · OH-1004

细胞膜0.154

排名 4 · LXL04_026235 · OH-1004

内质网0.115

排名 5 · LXL04_026235 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03635.24Vps35330-394 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026235	`PF03635.24`	Vps35	330	394	4.8e-10	39.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q944A9`	拟南芥	Novel plant SNARE 11	56.410%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LNH6`	拟南芥	Novel plant SNARE 12	49.704%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LRP1`	拟南芥	Novel plant SNARE 13	51.266%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4I0P8`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35B	83.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7X659`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35A	73.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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