LXL04_026135 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026135

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 121470360-121472962 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1062 bp · LXL04_026135|LXL04_026135|OH1004|cDNA

atGGCTTTGGAAACACTTTCTTCCAATGAACTTCTCAACTTCATAATCTATGACACCATCTCTGCAACCCCTTTTAGCTGCAATGACTCCTCTGAAACCACAACTACTAACACTAATCCTTGTAGTAGCTTCTTCTTCCATCTCGAAAACGAAAACCCTAATCCTCCTCTAAATCAATTGTGCGAAGAACTCTCAGGCGCTGCTGCCATGGAAATTATGAGTTCCAATTCATCTCTAACTTCGACCACTGCGAAAATGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1062 bp · LXL04_026135|LXL04_026135|OH1004|CDS

ATGGCTTTGGAAACACTTTCTTCCAATGAACTTCTCAACTTCATAATCTATGACACCATCTCTGCAACCCCTTTTAGCTGCAATGACTCCTCTGAAACCACAACTACTAACACTAATCCTTGTAGTAGCTTCTTCTTCCATCTCGAAAACGAAAACCCTAATCCTCCTCTAAATCAATTGTGCGAAGAACTCTCAGGCGCTGCTGCCATGGAAATTATGAGTTCCAATTCATCTCTAACTTCGACCACTGCGAAAATGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

353 aa · LXL04_026135|LXL04_026135|OH1004|PROTEIN

MALETLSSNELLNFIIYDTISATPFSCNDSSETTTTNTNPCSSFFFHLENENPNPPLNQLCEELSGAAAMEIMSSNSSLTSTTAKMSMAVQAYCSGKIPEKNYINDNNSNNMNLGVQGGGKKKRRRRPRVSKNKEEAENQRMTHIAVERNRRKQMNEHLAVLRSLMPESYVQRGDQASIVGGAIEFVKELEHLLQSLEAQKFILSQQQQQQEDEGGHNSKFTESSSPTPPFSQFFAYPQYTCSQIPNKYTSKSKAAIADI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026135`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026135

位置 Chr05:121470360-121472962 (+)

描述 Similar to BHLH96: Transcription factor bHLH96

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72210`	转录因子 bHLH96。	暂无已核实直接文献
`At1g22490`	转录因子bHLH94。	暂无已核实直接文献
`At5g46690`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g24140`	转录激活剂。	Arabidopsis FAMA controls the final proliferation/differentiation switch during stomatal development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.046136 Termination of asymmetric cell division and differentiation of stomata.2007 · DOI: 10.1038/nature05467 Deep functional redundancy between FAMA and FOUR LIPS in stomatal development.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12489 Arabidopsis guard cell integrity involves the epigenetic stabilization of the FLP and FAMA transcription factor genes.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12516
`At4g01460`	转录因子bHLH57。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026135 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010052 guard cell differentiation 生物过程

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0010377 guard cell fate commitment 生物过程

GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程

GO:0045597 positive regulation of cell differentiation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051782 negative regulation of cell division 生物过程

GO:0090547 response to low humidity 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22490

ath:AT1G72210

ath:AT3G24140

ath:AT4G01460

ath:AT5G46690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965

排名 1 · LXL04_026135 · OH-1004

细胞质0.099

排名 2 · LXL04_026135 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_026135 · OH-1004

内质网0.022

排名 4 · LXL04_026135 · OH-1004

质体0.014

排名 5 · LXL04_026135 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH140-191 aa

PF22754.5bHLH-TF_ACT-like_plant259-336 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026135	`PF00010.32`	HLH	140	191	6.3e-13	49.0
LXL04_026135	`PF22754.5`	bHLH-TF_ACT-like_plant	259	336	7.5e-06	26.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7T4`	拟南芥	Transcription factor bHLH96	60.550%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SK91`	拟南芥	Transcription factor bHLH94	56.398%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q56XR0`	拟南芥	Transcription factor bHLH71	57.018%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q56YJ8`	拟南芥	Transcription factor FAMA	46.930%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M128`	拟南芥	Transcription factor bHLH57	44.444%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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