LXL04_026026 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026026

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 119902525-119904942 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2418 bp · LXL04_026026|LXL04_026026|OH1004|cDNA

ATGCTCTTTTCTGCACCTTCTCATTCATCATCATTCGCCAAGGTAACACTCCCTCACCTCCTCAATTTCATATCATCCTTCGATTTCCTTGCATTTACATCAACTCGCTTCTACTCTACTGTCTCTACATCACCACCATCATCACAAACACAGTTAATTACCCACATAATAACTTCATTTCGACAAAAAGACCACAATCAACACCTGTTAAACCATTCTTCTATCTCAAATTTGAGACCCCATGAAGTAGAGCCTATCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2418 bp · LXL04_026026|LXL04_026026|OH1004|CDS

ATGCTCTTTTCTGCACCTTCTCATTCATCATCATTCGCCAAGGTAACACTCCCTCACCTCCTCAATTTCATATCATCCTTCGATTTCCTTGCATTTACATCAACTCGCTTCTACTCTACTGTCTCTACATCACCACCATCATCACAAACACAGTTAATTACCCACATAATAACTTCATTTCGACAAAAAGACCACAATCAACACCTGTTAAACCATTCTTCTATCTCAAATTTGAGACCCCATGAAGTAGAGCCTATCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

805 aa · LXL04_026026|LXL04_026026|OH1004|PROTEIN

MLFSAPSHSSSFAKVTLPHLLNFISSFDFLAFTSTRFYSTVSTSPPSSQTQLITHIITSFRQKDHNQHLLNHSSISNLRPHEVEPILFGLRATPALAIRFFEWSERHLGFHHHNLESFCGLIHLLLEKRMFDDARRVFDKMTERFGDFDCFNAFRIGLTSYHSNASTVYSFLVANYSRIGNIDKAIELFFQMSRSGISISPYALMKIMNSLVDMNRIDVISDVYKIIANEHRENTDLCSNLYGYVMGGFFKKGEPSFGFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026026`
TK1151 ID	TkA06G031190
OH-1004 ID	LXL04_026026
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	56.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 8.681 / OH-1004 10.932 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026026

位置 Chr05:119902525-119904942 (-)

描述 Similar to At1g31840: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g31840

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31840`	推测的含五重复肽重复序列蛋白 At1g31840。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026026 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31840

ath:AT5G39710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.825

排名 1 · LXL04_026026 · OH-1004

质体0.080

排名 2 · LXL04_026026 · OH-1004

细胞核0.042

排名 3 · LXL04_026026 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_026026 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_026026 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2242-286 aa

PF13812.13PPR_3271-321 aa

PF23276.3TPR_24292-405 aa

PF12854.14PPR_1304-335 aa

PF13041.13PPR_2307-355 aa

PF01535.27PPR310-340 aa

PF12854.14PPR_1339-362 aa

PF17177.11PPR_long360-462 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026026	`PF13041.13`	PPR_2	242	286	7.5e-128	417.3
LXL04_026026	`PF13812.13`	PPR_3	271	321	1.7e-53	179.2
LXL04_026026	`PF23276.3`	TPR_24	292	405	1.1e-34	119.9
LXL04_026026	`PF12854.14`	PPR_1	304	335	3e-120	392.3
LXL04_026026	`PF13041.13`	PPR_2	307	355	7.5e-128	417.3
LXL04_026026	`PF01535.27`	PPR	310	340	7.7e-105	336.8
LXL04_026026	`PF12854.14`	PPR_1	339	362	3e-120	392.3
LXL04_026026	`PF17177.11`	PPR_long	360	462	6.1e-23	82.0
LXL04_026026	`PF13812.13`	PPR_3	369	422	1.7e-53	179.2
LXL04_026026	`PF29070.1`	MSC6_N	373	467	2.9e-23	83.3
LXL04_026026	`PF13041.13`	PPR_2	378	426	7.5e-128	417.3
LXL04_026026	`PF01535.27`	PPR	380	410	7.7e-105	336.8
LXL04_026026	`PF12854.14`	PPR_1	409	438	3e-120	392.3
LXL04_026026	`PF13041.13`	PPR_2	412	461	7.5e-128	417.3
LXL04_026026	`PF01535.27`	PPR	415	444	7.7e-105	336.8
LXL04_026026	`PF12854.14`	PPR_1	477	507	3e-120	392.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C6S6`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g31840	38.368%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	25.480%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	28.548%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	29.070%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	26.917%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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