LXL04_025998 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025998

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 119507963-119512038 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2355 bp · LXL04_025998|LXL04_025998|OH1004|cDNA

ATGGCTCTGAATACGGATGAGCTTGTAGGAAAATCGAATTCAGCACATCAATTTGACAAGGATGCCTTGTTTCGCTACTGTTCTATTCATGTCGAAGGCTTCCCTGTTTCTTCCTCCAACTTTTGCATTTCCCAGTTTGGGCATGGCCAATCAAATCCGACATATCTTATAGAACTCCAATCAGGAGCTCTAGTGAAGAGATACGTTCTGAGAAAAAAGCCCCCTGGAAAGCTCCTCCAATCTGCTCACGCTGTCGAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2355 bp · LXL04_025998|LXL04_025998|OH1004|CDS

ATGGCTCTGAATACGGATGAGCTTGTAGGAAAATCGAATTCAGCACATCAATTTGACAAGGATGCCTTGTTTCGCTACTGTTCTATTCATGTCGAAGGCTTCCCTGTTTCTTCCTCCAACTTTTGCATTTCCCAGTTTGGGCATGGCCAATCAAATCCGACATATCTTATAGAACTCCAATCAGGAGCTCTAGTGAAGAGATACGTTCTGAGAAAAAAGCCCCCTGGAAAGCTCCTCCAATCTGCTCACGCTGTCGAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

784 aa · LXL04_025998|LXL04_025998|OH1004|PROTEIN

MALNTDELVGKSNSAHQFDKDALFRYCSIHVEGFPVSSSNFCISQFGHGQSNPTYLIELQSGALVKRYVLRKKPPGKLLQSAHAVEREFQGIAPNRRRALYHATAKALASLHSTDVDAIGLGDYGRRNNYCKRQVERWAKQYIASTGEGKSERNPKMLQLIDWLRENIPSEDSSGSSAGLVHGDFRIDNLVFHPIEDRVIGILDWELSTLGNQMCDVAYSCLTYVGDISQEKVKHNGGFEITDAPQGVPSLEEYLADYCS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025998`
TK1151 ID	TkA06G039600
OH-1004 ID	LXL04_025998
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.359 / OH-1004 39.541 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025998

位置 Chr05:119507963-119512038 (-)

描述 Similar to IBR3: Probable acyl-CoA dehydrogenase IBR3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8RWZ3`	与IBR1和IBR10一起参与过氧化物酶体中吲哚-3-丁酸(IBA)β-氧化生成生物活性生长素吲哚-3-乙酸(IAA)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025998 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0033539 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0003995 acyl-CoA dehydrogenase activity 分子功能

GO:0004466 long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06810

gga:420689

hsa:80724

hsa:84129

mmu:71985

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.632

排名 1 · LXL04_025998 · OH-1004

线粒体0.197

排名 2 · LXL04_025998 · OH-1004

细胞质0.188

排名 3 · LXL04_025998 · OH-1004

细胞核0.075

排名 4 · LXL04_025998 · OH-1004

内质网0.051

排名 5 · LXL04_025998 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01636.30APH94-225 aa

PF02770.25Acyl-CoA_dh_M515-616 aa

PF00441.30Acyl-CoA_dh_1628-776 aa

PF08028.17Acyl-CoA_dh_2644-754 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025998	`PF01636.30`	APH	94	225	5.7e-31	108.8
LXL04_025998	`PF02770.25`	Acyl-CoA_dh_M	515	616	1.3e-17	64.4
LXL04_025998	`PF00441.30`	Acyl-CoA_dh_1	628	776	4.5e-35	121.7
LXL04_025998	`PF08028.17`	Acyl-CoA_dh_2	644	754	5.6e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWZ3`	拟南芥	Probable acyl-CoA dehydrogenase IBR3	68.990%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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