LXL04_025954 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025954

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118956558-118959887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1872 bp · LXL04_025954|LXL04_025954|OH1004|cDNA

ATGGATGTGGATCCTGATGACGTTTTCCGAGACGATGAAGACGATCCCGAAAATGAATTCTATCAGGAAAGGCAATCGAGCAAGGAACTCGTGGTATTCTTGGTGGATGCTTCTCCGAAAATGTTCAGCATCACTTGTCCTGGGGAAGATGAAGAGAACACGTCTCATTTTCATGTTGCTGTGAGCTCTGTTTTGGGGTCTATCAAGGTTCAAATCATCAATAGGCCATATGATGAAGTTGCAATATGCTTCTTCAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1872 bp · LXL04_025954|LXL04_025954|OH1004|CDS

ATGGATGTGGATCCTGATGACGTTTTCCGAGACGATGAAGACGATCCCGAAAATGAATTCTATCAGGAAAGGCAATCGAGCAAGGAACTCGTGGTATTCTTGGTGGATGCTTCTCCGAAAATGTTCAGCATCACTTGTCCTGGGGAAGATGAAGAGAACACGTCTCATTTTCATGTTGCTGTGAGCTCTGTTTTGGGGTCTATCAAGGTTCAAATCATCAATAGGCCATATGATGAAGTTGCAATATGCTTCTTCAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

623 aa · LXL04_025954|LXL04_025954|OH1004|PROTEIN

MDVDPDDVFRDDEDDPENEFYQERQSSKELVVFLVDASPKMFSITCPGEDEENTSHFHVAVSSVLGSIKVQIINRPYDEVAICFFNTREKKNLQDLSGVYVFNVPEREQLDSLTARFIKEFDQVKESFSKVIGSEFGIVPGSRDNSLYNALWVAQALLRKGSAKTADKRILLLTNEDDPFGNIKGVTKLDMARTTLQRAKDAQDLGISIELLPLSTPNEEFNVSLFYADLIGLEGDDLAQFMPLAGERFEDLNKQLRKRM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025954`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025954

位置 Chr05:118956558-118959887 (-)

描述 Similar to KU70: ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16970`	单链 DNA 依赖性 ATP 依赖性解旋酶。	Telomere length deregulation and enhanced sensitivity to genotoxic stress in Arabidopsis mutants deficient in Ku70.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.11.2819 Identification of Ku70 and Ku80 homologues in Arabidopsis thaliana: evidence for a role in the repair of DNA double-strand breaks.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01258.x Disruption of the Arabidopsis AtKu80 gene demonstrates an essential role for AtKu80 protein in efficient repair of DNA double-strand breaks in vivo.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01370.x Ku is required for telomeric C-rich strand maintenance but not for end-to-end chromosome fusions in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0236128100

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0184900`	单链 DNA 依赖性 ATP 依赖性解旋酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025954 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000725 recombinational repair 生物过程

GO:0002218 activation of innate immune response 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16970

dosa:Os07g0184900

gga:395767

hsa:2547

mmu:14375

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.934

排名 1 · LXL04_025954 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_025954 · OH-1004

线粒体0.023

排名 3 · LXL04_025954 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 4 · LXL04_025954 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_025954 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03731.22Ku_N31-265 aa

PF02735.23Ku275-454 aa

PF03730.20Ku_C485-571 aa

PF02037.34SAP587-621 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025954	`PF03731.22`	Ku_N	31	265	4.9e-51	174.3
LXL04_025954	`PF02735.23`	Ku	275	454	3.4e-36	125.6
LXL04_025954	`PF03730.20`	Ku_C	485	571	2.8e-19	70.2
LXL04_025954	`PF02037.34`	SAP	587	621	1.2e-07	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FQ08`	拟南芥	ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70	64.744%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7F1M0`	水稻	ATP-dependent DNA helicase 2 subunit KU70	62.520%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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