LXL04_025915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118527859-118535955 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2019 bp · LXL04_025915|LXL04_025915|OH1004|cDNA

ATGTCACAAGAACACCATCTTCCAATTTGGGGGTGTGGGCAACATCCAAGAACACCatttaaaagaaagaagaaaagaagaaaaaaggaaagaaggaaagaagaaagaagaaaagaggAAAGAAGAGGCGTTCTTCGCCGTCTTCGGAGCGACGCCAAGGAATGCGAAGGGGAGAACGCAAAGTCGGGCGTGGTGTTCCAATGCCAAGAACGTCGTCTTCGACGGCCACGTAGGAGGCGTTCACGAGAACGGCTACCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2019 bp · LXL04_025915|LXL04_025915|OH1004|CDS

ATGTCACAAGAACACCATCTTCCAATTTGGGGGTGTGGGCAACATCCAAGAACACCATTTAAAAGAAAGAAGAAAAGAAGAAAAAAGGAAAGAAGGAAAGAAGAAAGAAGAAAAGAGGAAAGAAGAGGCGTTCTTCGCCGTCTTCGGAGCGACGCCAAGGAATGCGAAGGGGAGAACGCAAAGTCGGGCGTGGTGTTCCAATGCCAAGAACGTCGTCTTCGACGGCCACGTAGGAGGCGTTCACGAGAACGGCTACCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

672 aa · LXL04_025915|LXL04_025915|OH1004|PROTEIN

MSQEHHLPIWGCGQHPRTPFKRKKKRRKKERRKEERRKEERRGVLRRLRSDAKECEGENAKSGVVFQCQERRLRRPRRRRSRERLPTPGSLKINNKVVWPKHLAVTFLKFVDLCHCFGEELLILVGSLVGKMNNTTLSTSEYASIVNMNLFVALLCACIVIGHLLEESRWMNESITALFIGLCTGAIILLSSGGKNSHLFVFSEDLFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFMTIVLFGAIGTVISFTIISYGAINIFKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025915`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025915

位置 Chr05:118527859-118535955 (-)

描述 Similar to NHX2: Sodium/hydrogen exchanger 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05030`	在质子与阳离子跨膜的低亲和力电中性交换中发挥作用。	Differential expression and function of Arabidopsis thaliana NHX Na+/H+ antiporters in the salt stress response.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01309.x
`At5g27150`	在质子与阳离子跨膜的低亲和力电中性交换中发挥作用。	Salt tolerance conferred by overexpression of a vacuolar Na+/H+ antiport in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1126/science.285.5431.1256 Functional conservation between yeast and plant endosomal Na(+)/H(+) antiporters.2000 · DOI: 10.1016/s0014-5793(00)01412-5 Arabidopsis thaliana and Saccharomyces cerevisiae NHX1 genes encode amiloride sensitive electroneutral Na+/H+ exchangers.2000 · DOI: 10.1042/0264-6021:3510241 Engineering salt-tolerant Brassica plants: characterization of yield and seed oil quality in transgenic plants with increased vacuolar sodium accumulation.2001 · DOI: 10.1073/pnas.231476498 The arabidopsis Na+/H+ exchanger AtNHX1 catalyzes low affinity Na+ and K+ transport in reconstituted liposomes.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m105043200 Vacuolar cation/H+ exchange, ion homeostasis, and leaf development are altered in a T-DNA insertional mutant of AtNHX1, the Arabidopsis vacuolar Na+/H+ antiporter.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01871.x Expression of an Arabidopsis vacuolar sodium/proton antiporter gene in cotton improves photosynthetic performance under salt conditions and increases fiber yield in the field.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci201 The Arabidopsis thaliana proton transporters, AtNhx1 and Avp1, can function in cation detoxification in yeast.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.4.1480
`At3g06370`	可能参与质子与钠离子（Na(+)）或钾离子（K(+)）等阳离子的低亲和力电中性交换穿膜运输。	暂无已核实直接文献
`At5g55470`	可能参与质子与钠离子（Na(+)）或钾离子（K(+)）等阳离子的低亲和力电中性交换穿膜运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0666900`	可能作为液泡膜反向转运蛋白，介导 H⁺ 与 Na⁺、K⁺ 等阳离子的低亲和力电中性交换。	Function, intracellular localization and the importance in salt tolerance of a vacuolar Na(+)/H(+) antiporter from rice.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch014

功能注释来源

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功能注释来源：OH1004 · LXL04_025915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0034486 vacuolar transmembrane transport 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0051453 regulation of intracellular pH 生物过程

GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0098719 sodium ion import across plasma membrane 生物过程

GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程

GO:1990573 potassium ion import across plasma membrane 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05030

ath:AT3G06370

ath:AT5G27150

ath:AT5G55470

dosa:Os07g0666900

osa:4344217

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.517

排名 1 · LXL04_025915 · OH-1004

细胞质0.208

排名 2 · LXL04_025915 · OH-1004

溶酶体／液泡0.200

排名 3 · LXL04_025915 · OH-1004

内质网0.129

排名 4 · LXL04_025915 · OH-1004

高尔基体0.096

排名 5 · LXL04_025915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00999.27Na_H_Exchanger154-565 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025915	`PF00999.27`	Na_H_Exchanger	154	565	3.1e-56	191.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56XP4`	拟南芥	Sodium/hydrogen exchanger 2	73.394%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q68KI4`	拟南芥	Sodium/hydrogen exchanger 1	71.349%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84WG1`	拟南芥	Sodium/hydrogen exchanger 3	70.541%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S397`	拟南芥	Sodium/hydrogen exchanger 4	58.317%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SXJ8`	水稻	Sodium/hydrogen exchanger 1	76.336%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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