LXL04_025841 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025841

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117515604-117521451 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2745 bp · LXL04_025841|LXL04_025841|OH1004|cDNA

ATGCGGAAGAAAGTTCTGGTCTCCGTTCCCCGACTCATCTCAACATTCACTCCTACTACGTTCATCAGAAACTCATCAACCACTTCTTCTTTCTTCCCCCCACAATTGGACTCTTACTTCCAACTCAATCCTCGAGACAGGGTCTACACATATAACAGAGACATTCAGCGTTTACTAAAATCAGGATCAATCGATTCTGCACTTaaactgttcgacgaaatgcctaCACGAGACGCAGTTACATGGAACATTATAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2745 bp · LXL04_025841|LXL04_025841|OH1004|CDS

ATGCGGAAGAAAGTTCTGGTCTCCGTTCCCCGACTCATCTCAACATTCACTCCTACTACGTTCATCAGAAACTCATCAACCACTTCTTCTTTCTTCCCCCCACAATTGGACTCTTACTTCCAACTCAATCCTCGAGACAGGGTCTACACATATAACAGAGACATTCAGCGTTTACTAAAATCAGGATCAATCGATTCTGCACTTAAACTGTTCGACGAAATGCCTACACGAGACGCAGTTACATGGAACATTATAATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

914 aa · LXL04_025841|LXL04_025841|OH1004|PROTEIN

MRKKVLVSVPRLISTFTPTTFIRNSSTTSSFFPPQLDSYFQLNPRDRVYTYNRDIQRLLKSGSIDSALKLFDEMPTRDAVTWNIIISGHKSNGFSREALYFYSQMISQGFIETSSTFSTVLGVFSNERLYQQGLQVHNRAIVLGLSLNPYVGTALIDLYMNMNLINFAFRLFNDLPERNVATWNQLLRCFSEIGRSQKLELYFRMKREFIVPNPLTFCYLIRGFSNESLINNGKELHSYAIKLGFAESDLFVSNALVDFY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025841`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025841

位置 Chr05:117515604-117521451 (-)

描述 Similar to At1g80170: Probable polygalacturonase At1g80170

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80170`	可能是多聚半乳糖醛酸酶At1g80170。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009830 cell wall modification involved in abscission 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0004650 polygalacturonase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.655

排名 1 · LXL04_025841 · OH-1004

线粒体0.225

排名 2 · LXL04_025841 · OH-1004

细胞质0.034

排名 3 · LXL04_025841 · OH-1004

细胞核0.024

排名 4 · LXL04_025841 · OH-1004

溶酶体／液泡0.020

排名 5 · LXL04_025841 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_278-124 aa

PF01535.27PPR80-110 aa

PF13041.13PPR_2178-225 aa

PF13041.13PPR_2280-325 aa

PF01535.27PPR282-309 aa

PF12708.13Pect-lyase_RHGA_epim522-567 aa

PF00295.24Glyco_hydro_28556-876 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025841	`PF13041.13`	PPR_2	78	124	2e-38	131.0
LXL04_025841	`PF01535.27`	PPR	80	110	6.2e-32	108.3
LXL04_025841	`PF13041.13`	PPR_2	178	225	2e-38	131.0
LXL04_025841	`PF13041.13`	PPR_2	280	325	2e-38	131.0
LXL04_025841	`PF01535.27`	PPR	282	309	6.2e-32	108.3
LXL04_025841	`PF12708.13`	Pect-lyase_RHGA_epim	522	567	2.5e-07	31.4
LXL04_025841	`PF00295.24`	Glyco_hydro_28	556	876	1.9e-89	300.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AJ5`	拟南芥	Probable polygalacturonase At1g80170	47.781%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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