LXL04_025730 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025730

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115971752-115973829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

516 bp · LXL04_025730|LXL04_025730|OH1004|cDNA

ATGTCATTCAACTCACGTGCATCTTTGAAGTTTACAGTTCTTAATCCAAAAGGAAGAATCTGGACCATGGTTGCTGGTGGAGGTGCCAGTGTCATATACGCTGATACAGTTGGAGATCTTGGTTATGCTTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGTGGCGCACCAAATGAAGAGGAGGTTTTGCAATATGCAAGAGTTGTAATTGATTGTGCGACTGCTGATCCAGATGGTCAAAAGCGGGCTCTGGTAGTGGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

516 bp · LXL04_025730|LXL04_025730|OH1004|CDS

ATGTCATTCAACTCACGTGCATCTTTGAAGTTTACAGTTCTTAATCCAAAAGGAAGAATCTGGACCATGGTTGCTGGTGGAGGTGCCAGTGTCATATACGCTGATACAGTTGGAGATCTTGGTTATGCTTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGTGGCGCACCAAATGAAGAGGAGGTTTTGCAATATGCAAGAGTTGTAATTGATTGTGCGACTGCTGATCCAGATGGTCAAAAGCGGGCTCTGGTAGTGGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

171 aa · LXL04_025730|LXL04_025730|OH1004|PROTEIN

MSFNSRASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGNYAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATADPDGQKRALVVGGGIANFTDVAATFNGIIRAMKEKEAKLKAANMHIYVRRGGPNYQRGLARMRALGDEIGIPIQVYGPEATMTGICKQAIDCITASA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025730`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025730

位置 Chr05:115971752-115973829 (-)

描述 Similar to ACLA-3: ATP-citrate synthase alpha chain protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09430`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At1g60810`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At1g10670`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	Molecular characterization of a heteromeric ATP-citrate lyase that generates cytosolic acetyl-coenzyme A in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.008110

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0566300`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	暂无已核实直接文献
`Os11g0696200`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025730 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006085 acetyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016117 carotenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0043481 anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light 生物过程

GO:0045793 positive regulation of cell size 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09430

ath:AT1G10670

ath:AT1G60810

dosa:Os12g0566300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.657

排名 1 · LXL04_025730 · OH-1004

细胞核0.300

排名 2 · LXL04_025730 · OH-1004

细胞膜0.174

排名 3 · LXL04_025730 · OH-1004

线粒体0.143

排名 4 · LXL04_025730 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_025730 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16114.11Citrate_bind5-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025730	`PF16114.11`	Citrate_bind	5	165	1.4e-79	266.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80526`	拟南芥	ATP-citrate synthase alpha chain protein 3	87.805%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22718`	拟南芥	ATP-citrate synthase alpha chain protein 2	87.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SGY2`	拟南芥	ATP-citrate synthase alpha chain protein 1	87.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QNG7`	水稻	ATP-citrate synthase alpha chain protein 3	86.310%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2QZ86`	水稻	ATP-citrate synthase alpha chain protein 2	85.714%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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