LXL04_025691 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025691

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115336454-115345701 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4761 bp · LXL04_025691|LXL04_025691|OH1004|cDNA

ATGTATCCCAGGGAGTATAATACATATAGGCAACAACAGCCAATGCCACAGTCCTACTCTGGTCAATCTGCCTACGATCAAAAGGTCCAGGCCCGGATTGAGCGCCTCGAAACTGTTCGAGCATTAGTCAATTGTAAGATGGAGGAAGGTGGGGACGTGAGCAGTCATGTTCTAAAGATGATGAATCATTTGGTTCATTTAAAGCGATTTGGCGATACATTCCCAAGAGAGATTGCTGTAGATATGATCCTACTTTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

4761 bp · LXL04_025691|LXL04_025691|OH1004|CDS

ATGTATCCCAGGGAGTATAATACATATAGGCAACAACAGCCAATGCCACAGTCCTACTCTGGTCAATCTGCCTACGATCAAAAGGTCCAGGCCCGGATTGAGCGCCTCGAAACTGTTCGAGCATTAGTCAATTGTAAGATGGAGGAAGGTGGGGACGTGAGCAGTCATGTTCTAAAGATGATGAATCATTTGGTTCATTTAAAGCGATTTGGCGATACATTCCCAAGAGAGATTGCTGTAGATATGATCCTACTTTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1586 aa · LXL04_025691|LXL04_025691|OH1004|PROTEIN

MYPREYNTYRQQQPMPQSYSGQSAYDQKVQARIERLETVRALVNCKMEEGGDVSSHVLKMMNHLVHLKRFGDTFPREIAVDMILLSLPESFDTFIMIYNMNGWEKTLPELFNMLTTFEKSIPKKTSPVLVIREGGIKKPKPYKKKVAKTPQPKKKVAEEDACFECGVIGHWKRNCPTYLAELKKKKAEEGSAVVVDTGCGTHICNLLQGFRKSRQLNASEIILHVAMEQELQNIISVARLKKARFVYRFKDGCFHAFYFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025691`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025691

位置 Chr05:115336454-115345701 (-)

描述 Similar to RSA1: Protein SHORT ROOT IN SALT MEDIUM 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g03150`	盐胁迫后耐盐性和钠稳态所需的。	A nuclear calcium-sensing pathway is critical for gene regulation and salt stress tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003755

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G03150

hsa:55749

hsa:57805

mmu:219158

mmu:67500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960

排名 1 · LXL04_025691 · OH-1004

细胞质0.112

排名 2 · LXL04_025691 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 3 · LXL04_025691 · OH-1004

线粒体0.014

排名 4 · LXL04_025691 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_025691 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223.15Retrotran_gag_232-110 aa

PF14443.12DBC1848-963 aa

PF19256.5LAIKA1290-1354 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025691	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	32	110	8.2e-08	32.9
LXL04_025691	`PF14443.12`	DBC1	848	963	4.4e-39	134.0
LXL04_025691	`PF19256.5`	LAIKA	1290	1354	1.1e-20	74.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IS91`	拟南芥	Protein SHORT ROOT IN SALT MEDIUM 1	42.799%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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