LXL04_025618 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025618

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 114357622-114361464 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2331 bp · LXL04_025618|LXL04_025618|OH1004|cDNA

ATGGCGACCACAAAGCGTGCTTACAAGCTACAGGAGTTTGTAGCTCATGCTTCGAGTGTGAACTGCCTTAAAATTGGGAGGAAGTCTTCAAGAGTTCTTGTTACTGGAGGAGAAGATCACAAGGTTAATCTATGGGCGATTGGCAAACCAAATGCCATACTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGGGATTGATTCTGTCAGCTTTGATTCTTCTGAAGTATTAGTAGCAGCTGGAGCAGCAAGTGGTACAATTAAGTTGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2331 bp · LXL04_025618|LXL04_025618|OH1004|CDS

ATGGCGACCACAAAGCGTGCTTACAAGCTACAGGAGTTTGTAGCTCATGCTTCGAGTGTGAACTGCCTTAAAATTGGGAGGAAGTCTTCAAGAGTTCTTGTTACTGGAGGAGAAGATCACAAGGTTAATCTATGGGCGATTGGCAAACCAAATGCCATACTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGGGATTGATTCTGTCAGCTTTGATTCTTCTGAAGTATTAGTAGCAGCTGGAGCAGCAAGTGGTACAATTAAGTTGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

776 aa · LXL04_025618|LXL04_025618|OH1004|PROTEIN

MATTKRAYKLQEFVAHASSVNCLKIGRKSSRVLVTGGEDHKVNLWAIGKPNAILSLSGHSSGIDSVSFDSSEVLVAAGAASGTIKLWDLEEAKIVRTLTGHRSNCISLDFHPFGEFFASGSLDTNLKIWDIRRKGCIHTYKGHTRGVNAIRFTPDGRWVVSGGEDNSVKLWDLTAGKLLHDFKHHDGQVQCIDFHPHEFLLATGSADKTVKFWDLETLELIGSAGPETSGVRCMTFNPDGRTLLCGLHESLKVFSWEPIR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025618`
TK1151 ID	TkA06G048670
OH-1004 ID	LXL04_025618
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025618

位置 Chr05:114357622-114361464 (-)

描述 Similar to At5g23430: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23430`	可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At5g08390`	可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g61210`	可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。	DWA3, an Arabidopsis DWD protein, acts as a negative regulator in ABA signal transduction.2011 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2010.10.008
`At1g11160`	可能参与一种以ATP为依赖的方式切割微管的复合物（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025618 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007019 microtubule depolymerization 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051510 regulation of unidimensional cell growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0008352 katanin complex 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11160

ath:AT1G61210

ath:AT5G08390

ath:AT5G23430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · LXL04_025618 · OH-1004

细胞核0.225

排名 2 · LXL04_025618 · OH-1004

细胞膜0.166

排名 3 · LXL04_025618 · OH-1004

高尔基体0.140

排名 4 · LXL04_025618 · OH-1004

溶酶体／液泡0.103

排名 5 · LXL04_025618 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st3-129 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC38-90 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st10-91 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd10-131 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st11-131 aa

PF25391.2WD40_Gbeta11-135 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd14-133 aa

PF24796.2WDR5514-94 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025618	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	3	129	8.9e-29	101.4
LXL04_025618	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	8	90	1.9e-52	178.7
LXL04_025618	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	10	91	1.4e-52	179.5
LXL04_025618	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	10	131	3.2e-21	76.3
LXL04_025618	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	11	131	5.4e-53	180.2
LXL04_025618	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	11	135	5.8e-48	164.3
LXL04_025618	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	14	133	2.9e-29	103.1
LXL04_025618	`PF24796.2`	WDR55	14	94	7.6e-26	91.6
LXL04_025618	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	15	138	1.8e-60	205.5
LXL04_025618	`PF24805.2`	EIF3I	16	98	1.3e-26	94.2
LXL04_025618	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	16	174	8.5e-18	65.5
LXL04_025618	`PF24814.2`	WD40_Prp19	17	257	1.9e-48	165.7
LXL04_025618	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	18	98	2.5e-33	116.3
LXL04_025618	`PF29037.1`	DSE1_N	18	91	8.1e-17	62.1
LXL04_025618	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	29	133	1.2e-28	101.0
LXL04_025618	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	29	130	3.5e-23	83.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0T9`	拟南芥	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.4	57.619%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4KB17`	拟南芥	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.3	55.502%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HTH8`	拟南芥	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.2	54.915%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0A1P8AW69`	拟南芥	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.1	60.724%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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