LXL04_025590 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025590

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 113897273-113899312 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1497 bp · LXL04_025590|LXL04_025590|OH1004|cDNA

ATGGATTCATCAGAGAGGAATAATTCTCAATTGAAACAAGCACCCTGTTATTCAAACATCAAAACAAAGCTTTCGAAATCTCCATCTGTGATAGTAGTAGGTGGTGGCTTTGCTGGAATAGCTGCCGCCCGTGCCCTCCATGATGCTTCAATCCGGGTTATATTACTAGAGTCCCGTGACCGAATTGGTGGCCGAGTCCGTACAGATTACTCCTTTGGGTTTCCAGTGGATTTAGGGGCTTCGTGGTTACATGGAGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1497 bp · LXL04_025590|LXL04_025590|OH1004|CDS

ATGGATTCATCAGAGAGGAATAATTCTCAATTGAAACAAGCACCCTGTTATTCAAACATCAAAACAAAGCTTTCGAAATCTCCATCTGTGATAGTAGTAGGTGGTGGCTTTGCTGGAATAGCTGCCGCCCGTGCCCTCCATGATGCTTCAATCCGGGTTATATTACTAGAGTCCCGTGACCGAATTGGTGGCCGAGTCCGTACAGATTACTCCTTTGGGTTTCCAGTGGATTTAGGGGCTTCGTGGTTACATGGAGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

498 aa · LXL04_025590|LXL04_025590|OH1004|PROTEIN

MDSSERNNSQLKQAPCYSNIKTKLSKSPSVIVVGGGFAGIAAARALHDASIRVILLESRDRIGGRVRTDYSFGFPVDLGASWLHGVCKENPLAPLIGRLGLPLYRTSGDNSVLYDHDLERQLCTIRRGREPSSPRTRHTSRRNIRKHITRGMSSSSFTNKIREEFTEDLSIHRAISLVFERNPNLTLPGLSHKVLQWYLCRMEGWFAADADTISLKCWDKEELLPGGHGLMVRGYQPVINTLAKGLDIRLSHPVKKINRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025590`
TK1151 ID	TkA06G049950
OH-1004 ID	LXL04_025590
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025590

位置 Chr05:113897273-113899312 (+)

描述 Similar to PAO2: Polyamine oxidase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g43020`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Characterization of five polyamine oxidase isoforms in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s00299-010-0881-1 Functional diversity inside the Arabidopsis polyamine oxidase gene family.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq341 POLYAMINE OXIDASE2 of Arabidopsis contributes to ABA mediated plant developmental processes.2015 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2015.08.003
`At3g59050`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Bridging the gap between plant and mammalian polyamine catabolism: a novel peroxisomal polyamine oxidase responsible for a full back-conversion pathway in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123802 Characterization of five polyamine oxidase isoforms in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s00299-010-0881-1 Spermidine oxidase-derived H₂O₂ regulates pollen plasma membrane hyperpolarization-activated Ca(2+) -permeable channels and pollen tube growth.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04301.x Functional diversity inside the Arabidopsis polyamine oxidase gene family.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq341
`At1g65840`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	A putative peroxisomal polyamine oxidase, AtPAO4, is involved in polyamine catabolism in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn114 Characterization of five polyamine oxidase isoforms in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s00299-010-0881-1 Functional diversity inside the Arabidopsis polyamine oxidase gene family.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq341 Global Metabolic Profiling of Arabidopsis Polyamine Oxidase 4 (AtPAO4) Loss-of-Function Mutants Exhibiting Delayed Dark-Induced Senescence.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.00173

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0623300`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Constitutively and highly expressed Oryza sativa polyamine oxidases localize in peroxisomes and catalyze polyamine back conversion.2012 · DOI: 10.1007/s00726-011-1002-3
`Os04g0671200`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Constitutively and highly expressed Oryza sativa polyamine oxidases localize in peroxisomes and catalyze polyamine back conversion.2012 · DOI: 10.1007/s00726-011-1002-3

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025590 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006598 polyamine catabolic process 生物过程

GO:0046203 spermidine catabolic process 生物过程

GO:0046208 spermine catabolic process 生物过程

GO:1903602 thermospermine catabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0046592 polyamine oxidase activity 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

GO:0052900 spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity 分子功能

GO:0052901 spermine oxidase activity 分子功能

GO:0052903 N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity 分子功能

GO:1990534 thermospermine oxidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65840

ath:AT2G43020

ath:AT3G59050

dosa:Os04g0623300

dosa:Os04g0671200

osa:4337046

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.310

排名 1 · LXL04_025590 · OH-1004

细胞质0.271

排名 2 · LXL04_025590 · OH-1004

线粒体0.167

排名 3 · LXL04_025590 · OH-1004

质体0.116

排名 4 · LXL04_025590 · OH-1004

细胞核0.114

排名 5 · LXL04_025590 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_229-62 aa

PF00890.31FAD_binding_230-73 aa

PF01266.31DAO30-64 aa

PF12831.14FAD_oxidored30-65 aa

PF13450.13NAD_binding_832-90 aa

PF01593.31Amino_oxidase37-465 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025590	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	29	62	3.3e-09	37.3
LXL04_025590	`PF00890.31`	FAD_binding_2	30	73	2.7e-08	34.2
LXL04_025590	`PF01266.31`	DAO	30	64	2.7e-07	31.2
LXL04_025590	`PF12831.14`	FAD_oxidored	30	65	2.3e-06	27.9
LXL04_025590	`PF13450.13`	NAD_binding_8	32	90	3.8e-14	53.4
LXL04_025590	`PF01593.31`	Amino_oxidase	37	465	1e-95	322.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKX5`	拟南芥	Polyamine oxidase 2	73.494%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYT1`	拟南芥	Polyamine oxidase 3	70.942%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H191`	拟南芥	Probable polyamine oxidase 4	58.577%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X809`	水稻	Polyamine oxidase 3	69.485%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XR46`	水稻	Polyamine oxidase 4	57.764%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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