LXL04_025490 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025490

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 112474282-112477059 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2460 bp · LXL04_025490|LXL04_025490|OH1004|cDNA

ATGGATCCGCCGGAGTTACCTGAGTGTCCAGTCTGCCTCCAGCCCTTCGACGGCGAATCCACAACCCCACGCGTCCTCGCCTGCGGTCACTCTACCTGCGAAACATGCATGATCGACCTTCCAAAACCACCTTTCCCTCGTACTATACGCTGCCCGGCTTGTACCCAGCTTGTCCCCTACCCACCACAAGGTCCCTCCGCCCTCCCCAAAAACATCGACCTACTCCGCATCTCCTCCTCTCTTCTTCAATCAAACCCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2460 bp · LXL04_025490|LXL04_025490|OH1004|CDS

ATGGATCCGCCGGAGTTACCTGAGTGTCCAGTCTGCCTCCAGCCCTTCGACGGCGAATCCACAACCCCACGCGTCCTCGCCTGCGGTCACTCTACCTGCGAAACATGCATGATCGACCTTCCAAAACCACCTTTCCCTCGTACTATACGCTGCCCGGCTTGTACCCAGCTTGTCCCCTACCCACCACAAGGTCCCTCCGCCCTCCCCAAAAACATCGACCTACTCCGCATCTCCTCCTCTCTTCTTCAATCAAACCCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

819 aa · LXL04_025490|LXL04_025490|OH1004|PROTEIN

MDPPELPECPVCLQPFDGESTTPRVLACGHSTCETCMIDLPKPPFPRTIRCPACTQLVPYPPQGPSALPKNIDLLRISSSLLQSNPNRLNSKPKTSIVSSPDFIPNLWSREFYCNWKPWIVPRDTVSVDMSVALDEAFLLGTVVNPDASSGEVSSRCSMEIHQKVSLFKIGSFTHSNENRFSYSCLAKAISILFKMSDGALAELTLILTSSSMEYRICTSYGLWYNEVNEHLYIVCGKKQSSLLNAIVSDIHLQDDISTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025490`
TK1151 ID	TkA06G056490
OH-1004 ID	LXL04_025490
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025490`
位置	Chr05:112474282-112477059 (+)
描述	Similar to lin-23: F-box/WD repeat-containing protein lin-23
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025490` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0010826 negative regulation of centrosome duplication 生物过程 GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程 GO:0061136 regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ana:alr3466 cel:CELE_K10B2.1 dre:334373 dre:406825 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.556

排名 1 · LXL04_025490 · OH-1004

细胞质0.372

排名 2 · LXL04_025490 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 3 · LXL04_025490 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_025490 · OH-1004

溶酶体／液泡0.048

排名 5 · LXL04_025490 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14634.13zf-RING_58-55 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX9-52 aa

PF00069.32Pkinase351-445 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st480-594 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz516-582 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st518-592 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5518-593 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st519-593 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025490	`PF14634.13`	zf-RING_5	8	55	5.7e-06	26.9
LXL04_025490	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	9	52	1.2e-06	29.1
LXL04_025490	`PF00069.32`	Pkinase	351	445	7.4e-07	29.5
LXL04_025490	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	480	594	1.9e-20	73.9
LXL04_025490	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	516	582	4.6e-18	66.3
LXL04_025490	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	518	592	7.1e-24	85.2
LXL04_025490	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	518	593	2.6e-21	76.9
LXL04_025490	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	519	593	4.6e-20	72.8
LXL04_025490	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	519	593	5.6e-14	52.6
LXL04_025490	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	532	680	8.4e-10	38.9
LXL04_025490	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	535	594	6.6e-22	78.5
LXL04_025490	`PF24814.2`	WD40_Prp19	535	593	6.2e-17	62.3
LXL04_025490	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	537	665	1.2e-10	41.9
LXL04_025490	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	540	681	1.9e-08	34.9
LXL04_025490	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	554	641	1.5e-07	31.9
LXL04_025490	`PF29630.1`	ASA1	557	643	1.9e-09	37.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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