LXL04_025408 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025408

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 111206631-111207973 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

678 bp · LXL04_025408|LXL04_025408|OH1004|cDNA

ATGTTAACTATCTCCGATGAAGACCAGAACCGGCTGCCGGAGCAGAGCGAACAGGATCCGGCGACCCCAAGAGTGTTGTCAATCTTATCCGTTGTTCTGGAAAGACTTGTGAGCCGGAACGAGATATTGAGTTTAAGCAGCGGCGGAGGAGCACGGCTGGGGAAAAACTTGGAGGCGTTTCACGGTGCTAGACCGCCGGCAATCACTATACCCAAGTATCTAGACCGGATATACAAGTACACAAATTGTAGTCCGGCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

678 bp · LXL04_025408|LXL04_025408|OH1004|CDS

ATGTTAACTATCTCCGATGAAGACCAGAACCGGCTGCCGGAGCAGAGCGAACAGGATCCGGCGACCCCAAGAGTGTTGTCAATCTTATCCGTTGTTCTGGAAAGACTTGTGAGCCGGAACGAGATATTGAGTTTAAGCAGCGGCGGAGGAGCACGGCTGGGGAAAAACTTGGAGGCGTTTCACGGTGCTAGACCGCCGGCAATCACTATACCCAAGTATCTAGACCGGATATACAAGTACACAAATTGTAGTCCGGCTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

225 aa · LXL04_025408|LXL04_025408|OH1004|PROTEIN

MLTISDEDQNRLPEQSEQDPATPRVLSILSVVLERLVSRNEILSLSSGGGARLGKNLEAFHGARPPAITIPKYLDRIYKYTNCSPACFVVGYVYIDRLVHRHPGSLVVPLNVHRLLVTSIMVAAKILDDVHYNNAFYARVGGVTNVELNRLEVEFLFMLDFELTVTSRVFESYCLHLEREMVLWNGTTAQKIERGIHTNTIEDIAEIPIEDMESFSSPLSNGVLT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025408`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025408

位置 Chr05:111206631-111207973 (+)

描述 Similar to CYCU1-1: Cyclin-U1-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21870`	细胞周期蛋白U1-1。	暂无已核实直接文献
`At2g44740`	细胞周期蛋白U4-1。	暂无已核实直接文献
`At3g60550`	细胞周期蛋白U2-2。	暂无已核实直接文献
`At2g45080`	细胞周期蛋白U2-1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0563900`	细胞周期蛋白P4-1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025408 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0019901 protein kinase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G44740

ath:AT2G45080

ath:AT3G21870

ath:AT3G60550

dosa:Os10g0563900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.744

排名 1 · LXL04_025408 · OH-1004

细胞质0.304

排名 2 · LXL04_025408 · OH-1004

线粒体0.033

排名 3 · LXL04_025408 · OH-1004

质体0.033

排名 4 · LXL04_025408 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 5 · LXL04_025408 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08613.17Cyclin25-163 aa

PF00134.29Cyclin_N72-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025408	`PF08613.17`	Cyclin	25	163	6.2e-37	128.0
LXL04_025408	`PF00134.29`	Cyclin_N	72	164	8.7e-09	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJ45`	拟南芥	Cyclin-U1-1	63.731%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80513`	拟南芥	Cyclin-U4-1	48.503%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M205`	拟南芥	Cyclin-U2-2	42.697%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHD3`	拟南芥	Cyclin-U2-1	44.865%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XC35`	水稻	Cyclin-P4-1	45.402%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情