LXL04_025258 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025258

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 108800643-108801635 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

993 bp · LXL04_025258|LXL04_025258|OH1004|cDNA

ATGCGCCGGATCAAACCCCTCATCAAACAAAACCTTTCTTCTTTCACTCCTCCTCCCAGTAACCATAAACCTCCATCATCCATCATTTTGGCTAGAAACATTGTGATTGTATTGGGAGTTGTCTTCGTCATCTGTTGTTTGTTTCACTTTCTTGCAAGATACCTCATAAAGAAGAAacgatcatcatcttcatcttcatcttcaaacACTCATCAACAATCTTcaagatttcaagaaagtaacAACAATGACGACAGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · LXL04_025258|LXL04_025258|OH1004|CDS

ATGCGCCGGATCAAACCCCTCATCAAACAAAACCTTTCTTCTTTCACTCCTCCTCCCAGTAACCATAAACCTCCATCATCCATCATTTTGGCTAGAAACATTGTGATTGTATTGGGAGTTGTCTTCGTCATCTGTTGTTTGTTTCACTTTCTTGCAAGATACCTCATAAAGAAGAAACGATCATCATCTTCATCTTCATCTTCAAACACTCATCAACAATCTTCAAGATTTCAAGAAAGTAACAACAATGACGACAGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

330 aa · LXL04_025258|LXL04_025258|OH1004|PROTEIN

MRRIKPLIKQNLSSFTPPPSNHKPPSSIILARNIVIVLGVVFVICCLFHFLARYLIKKKRSSSSSSSSNTHQQSSRFQESNNNDDRQLQQLFHLHDSGLDQGFIDALPLFLYKELMGSKEPFDCAVCLCEFSEQDKLRLLPLCTHAFHIHCIDTWLLSNSSCPLCRSTLFTPGFSVENPVFDFHDDSREEDDDHVLGVSCNFKQIGGGNEKWVYPVRLGKFRATSGEKREEKEVGETSNSNLDARRCFSMGSYEYVVGNS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025258`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025258

位置 Chr05:108800643-108801635 (-)

描述 Similar to ATL46: RING-H2 finger protein ATL46

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40250`	RING-H2 指蛋白 ATL46。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At2g18650`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At4g30400`	RING-H2 指蛋白 ATL13。	暂无已核实直接文献
`At3g48030`	RING-H2 指蛋白 ATL48。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025258 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT2G18650

ath:AT3G48030

ath:AT4G30400

ath:AT5G40250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.340

排名 1 · LXL04_025258 · OH-1004

细胞质0.300

排名 2 · LXL04_025258 · OH-1004

细胞膜0.273

排名 3 · LXL04_025258 · OH-1004

内质网0.175

排名 4 · LXL04_025258 · OH-1004

溶酶体／液泡0.109

排名 5 · LXL04_025258 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx1119-166 aa

PF12861.14zf-ANAPC11121-169 aa

PF13639.13zf-RING_2123-166 aa

PF17123.12zf-RING_11123-152 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025258	`PF12678.14`	zf-rbx1	119	166	3e-10	40.9
LXL04_025258	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	121	169	3.1e-07	31.0
LXL04_025258	`PF13639.13`	zf-RING_2	123	166	1.6e-13	51.3
LXL04_025258	`PF17123.12`	zf-RING_11	123	152	1.2e-08	35.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FL07`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL46	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GW38`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL47	54.730%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZV53`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL49	39.683%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q940Q4`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL13	40.728%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7X843`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL48	40.824%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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