LXL04_025104 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025104

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 105997703-105999573 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

646 bp · LXL04_025104|LXL04_025104|OH1004|cDNA

ATGAAGCCTTTTTCATATGCAAAATATCTCTCTTGATATATTGATAATCATCAATTAATACAAGAACTTTACTACATCGATCATTGTTTCCATTCGTGTGATCATGAACTTTGAAGTGCAAGCTGAGAGGGTGGCAAACATGGATCCGCCTGTTCAAACACCTCCCTCCGATCAACATCTTTGCTACGTTCGTTGCAACTTTTGCAATACCCTTCTTGCGGTAGGAATACCATGCAAGAGGCTACTGGATACAGTCACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

543 bp · LXL04_025104|LXL04_025104|OH1004|CDS

ATGAACTTTGAAGTGCAAGCTGAGAGGGTGGCAAACATGGATCCGCCTGTTCAAACACCTCCCTCCGATCAACATCTTTGCTACGTTCGTTGCAACTTTTGCAATACCCTTCTTGCGGTAGGAATACCATGCAAGAGGCTACTGGATACAGTCACAGTGAAATGCGGACATTGCAGCAATTTGTCATTTCTCACGATAAGACCTTCTCCTCCAGATCATCTTCTTCAACCTCCTCCCCTTCCTTCTTTTCCGTCTGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

180 aa · LXL04_025104|LXL04_025104|OH1004|PROTEIN

MNFEVQAERVANMDPPVQTPPSDQHLCYVRCNFCNTLLAVGIPCKRLLDTVTVKCGHCSNLSFLTIRPSPPDHLLQPPPLPSFPSAFSGDLKRGQSSSSSSSTSNEPTSPKAPFVVKPPEKKHRLPSAYNRFMKEEIQRIKASNPQIPHREAFSTAAKNWAGHIPNGSISGSINTVRILP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025104`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025104

位置 Chr05:105997703-105999573 (-)

描述 Similar to DL: Protein DROOPING LEAF

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69180`	进行花蜜腺发育启动所需的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g26580`	促进背向细胞特性。	暂无已核实直接文献
`At1g08465`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0215200`	调控花器官发育中的心皮特化。	暂无已核实直接文献
`Os03g0650000`	蛋白质YABBY 2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025104 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003002 regionalization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010022 meristem determinacy 生物过程

GO:0010094 specification of carpel identity 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0010254 nectary development 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08465

ath:AT1G69180

ath:AT2G26580

dosa:Os03g0215200

dosa:Os03g0650000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.808

排名 1 · LXL04_025104 · OH-1004

细胞质0.266

排名 2 · LXL04_025104 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_025104 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_025104 · OH-1004

线粒体0.020

排名 5 · LXL04_025104 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24868.1YABBY_N23-68 aa

PF04690.20YABBY104-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025104	`PF24868.1`	YABBY_N	23	68	4e-23	81.5
LXL04_025104	`PF04690.20`	YABBY	104	165	4.1e-33	114.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L925`	拟南芥	Protein CRABS CLAW	65.306%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GW46`	拟南芥	Axial regulator YABBY 5	49.324%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XFB0`	拟南芥	Putative axial regulator YABBY 2	51.282%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q76EJ0`	水稻	Protein DROOPING LEAF	67.347%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10FZ7`	水稻	Protein YABBY 2	45.283%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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