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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024954
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 102714567-102717387 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1764 bp · LXL04_024954|LXL04_024954|OH1004|cDNA

ATGTCAATGGGAGACGAACCTTTGTACCCAATAGCAGTACTAATCGATGAACTGAAGAATGACGACATCCAATTGCGTTTAAATTCCATCAGAAGACTATCAACAATCGCACGTGCACTAGGGGAAGAACGCACTCGAAAGGAGTTAATCCCTTTCTTGAGTGAAAacaatgatgatgatgatgaagttCTTCTTGCCATGGCAGAAGAGTTAGGTGTGTTCATTCCTTATGTTGGAGGAGTTGACCATGCCAATGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1764 bp · LXL04_024954|LXL04_024954|OH1004|CDS

ATGTCAATGGGAGACGAACCTTTGTACCCAATAGCAGTACTAATCGATGAACTGAAGAATGACGACATCCAATTGCGTTTAAATTCCATCAGAAGACTATCAACAATCGCACGTGCACTAGGGGAAGAACGCACTCGAAAGGAGTTAATCCCTTTCTTGAGTGAAAACAATGATGATGATGATGAAGTTCTTCTTGCCATGGCAGAAGAGTTAGGTGTGTTCATTCCTTATGTTGGAGGAGTTGACCATGCCAATGTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

587 aa · LXL04_024954|LXL04_024954|OH1004|PROTEIN

MSMGDEPLYPIAVLIDELKNDDIQLRLNSIRRLSTIARALGEERTRKELIPFLSENNDDDDEVLLAMAEELGVFIPYVGGVDHANVLLPPLETLCTVEETCVREKAVESLCRIGSQMKDTNLVEFFVPLVKRLAAGEWFTARVSACGLFHIAYPSAPDALKAELRSVYSQLCQDDMPMVRRSAATNLGKFAATMEPAHLKTEIMQIFEDLTQDDQDSVRLLAVEGCAALGKLLEPQDCVAHILPVIVNFSQDKSWRVRYM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024954
TK1151 IDTkA06G094270
OH-1004 IDLXL04_024954
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 33.049 / OH-1004 33.049
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024954
位置Chr05:102714567-102717387 (-)
描述Similar to PP2AA2: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g25800 蛋白磷酸酶2A的A亚基作为支架分子，用于协调催化亚基和可变调节B亚基的组装。
Disparate roles for the regulatory A subunit isoforms in Arabidopsis protein phosphatase 2A.2004 · DOI: 10.1105/tpc.018994
At1g13320 蛋白磷酸酶2A的A亚基作为支架分子，用于协调催化亚基和可变调节B亚基的组装。
Disparate roles for the regulatory A subunit isoforms in Arabidopsis protein phosphatase 2A.2004 · DOI: 10.1105/tpc.018994
At1g25490 蛋白磷酸酶2A的A亚基作为支架分子，用于协调催化亚基和可变调节B亚基的组装。
The RCN1-encoded A subunit of protein phosphatase 2A increases phosphatase activity in vivo.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00607.x
The Arabidopsis eer1 mutant has enhanced ethylene responses in the hypocotyl and stem.2001 · DOI: 10.1104/pp.125.2.1061
Genetic and chemical reductions in protein phosphatase activity alter auxin transport, gravity response, and lateral root growth.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010158
Disruption of a guard cell-expressed protein phosphatase 2A regulatory subunit, RCN1, confers abscisic acid insensitivity in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.003335
Enhanced ethylene responsiveness in the Arabidopsis eer1 mutant results from a loss-of-function mutation in the protein phosphatase 2A A regulatory subunit, RCN1.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01762.x
Disparate roles for the regulatory A subunit isoforms in Arabidopsis protein phosphatase 2A.2004 · DOI: 10.1105/tpc.018994
A mutation in protein phosphatase 2A regulatory subunit A affects auxin transport in Arabidopsis.1996 · PMID: 8641277

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024954 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009926 auxin polar transport 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0042325 regulation of phosphorylation 生物过程
GO:0000159 protein phosphatase type 2A complex 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13320
ath:AT1G25490
ath:AT3G25800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.708
排名 1 · LXL04_024954 · OH-1004
细胞核0.304
排名 2 · LXL04_024954 · OH-1004
高尔基体0.165
排名 3 · LXL04_024954 · OH-1004
细胞膜0.131
排名 4 · LXL04_024954 · OH-1004
溶酶体／液泡0.124
排名 5 · LXL04_024954 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20168.5PDS588-268 aa
PF01602.27Adaptin_N100-419 aa
PF29896.1PPFR1_M163-237 aa
PF22956.3PIK3R4-like_middle195-303 aa
PF13646.13HEAT_2210-301 aa
PF02985.29HEAT242-271 aa
PF29896.1PPFR1_M247-314 aa
PF30357.1RELCH_N258-370 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024954PF20168.5PDS5882681.9e-1143.3
LXL04_024954PF01602.27Adaptin_N1004196.7e-0729.0
LXL04_024954PF29896.1PPFR1_M1632374e-52175.8
LXL04_024954PF22956.3PIK3R4-like_middle1953034.9e-2692.0
LXL04_024954PF13646.13HEAT_22103018.4e-30103.6
LXL04_024954PF02985.29HEAT2422712.4e-54176.8
LXL04_024954PF29896.1PPFR1_M2473144e-52175.8
LXL04_024954PF30357.1RELCH_N2583707.2e-2175.8
LXL04_024954PF25757.2TPR_DNAAF52754213.7e-0833.6
LXL04_024954PF22646.3PPP2R1A-like_HEAT2773511.4e-46157.5
LXL04_024954PF22956.3PIK3R4-like_middle2813474.9e-2692.0
LXL04_024954PF29896.1PPFR1_M3223854e-52175.8
LXL04_024954PF22956.3PIK3R4-like_middle3434244.9e-2692.0
LXL04_024954PF22646.3PPP2R1A-like_HEAT3534211.4e-46157.5
LXL04_024954PF13646.13HEAT_23614608.4e-30103.6
LXL04_024954PF30359.1RELCH_C5275854.2e-1659.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q38950拟南芥Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform90.460%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q38951拟南芥Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A gamma isoform88.416%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q38845拟南芥Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform86.575%Swiss-Prot强数据库同源证据

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