LXL04_024816 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024816

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 99484976-99485768 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

669 bp · LXL04_024816|LXL04_024816|OH1004|cDNA

ATGGGGAAGGATGATGTGAAGCTTCTAAGCATGTGGGCTAGTCCTTTTTGCATGAGGGTGAAGGTTGCATTGGCTGAAAAAGACATTCCTTATGAGGAGATTTTAGAGAACAATTTGTTGGGTGGAAAGACCGAGTTGTTGCTAAAATCAAACCCTGTCCACCAACAAGTTCCTGTCCTCTTGCATGACGAAAAGCCCATCCTCGAGTCCACTAACATTGTAACTTACATCGATGAAGTTTGGCCTTCCAAACCTCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

669 bp · LXL04_024816|LXL04_024816|OH1004|CDS

ATGGGGAAGGATGATGTGAAGCTTCTAAGCATGTGGGCTAGTCCTTTTTGCATGAGGGTGAAGGTTGCATTGGCTGAAAAAGACATTCCTTATGAGGAGATTTTAGAGAACAATTTGTTGGGTGGAAAGACCGAGTTGTTGCTAAAATCAAACCCTGTCCACCAACAAGTTCCTGTCCTCTTGCATGACGAAAAGCCCATCCTCGAGTCCACTAACATTGTAACTTACATCGATGAAGTTTGGCCTTCCAAACCTCTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

222 aa · LXL04_024816|LXL04_024816|OH1004|PROTEIN

MGKDDVKLLSMWASPFCMRVKVALAEKDIPYEEILENNLLGGKTELLLKSNPVHQQVPVLLHDEKPILESTNIVTYIDEVWPSKPLLPTCAYEKARARFWADYIDRKVHPAGRAIWTAKGEDELEAAKKAFLDILMFLDGTLGDKDYFSGENFGFVDILLIGLTSWFPAFEKYGSFTVEEHYPRLAAWITRSYARRTVSESLANPEKIINFVVMLRQMFGIE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024816`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024816

位置 Chr05:99484976-99485768 (-)

描述 Similar to Probable glutathione S-transferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17180`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g78380`	催化 12-氧代植物二烯酸的谷胱甘肽化。	Probing the diversity of the Arabidopsis glutathione S-transferase gene family.2002 · DOI: 10.1023/a:1015557300450 Organ-specific expression of glutathione S-transferases and the efficacy of herbicide safeners in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.067199 Selective binding of glutathione conjugates of fatty acid derivatives by plant glutathione transferases.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.020107

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024816 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009407 toxin catabolic process 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0046256 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17180

ath:AT1G78380

nta:107772524

nta:107782951

nta:107823949

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.837

排名 1 · LXL04_024816 · OH-1004

细胞核0.215

排名 2 · LXL04_024816 · OH-1004

内质网0.064

排名 3 · LXL04_024816 · OH-1004

线粒体0.059

排名 4 · LXL04_024816 · OH-1004

过氧化物酶体0.046

排名 5 · LXL04_024816 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02798.27GST_N6-79 aa

PF13417.13GST_N_38-79 aa

PF13409.13GST_N_213-79 aa

PF00043.31GST_C115-195 aa

PF13410.12GST_C_2122-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024816	`PF02798.27`	GST_N	6	79	1.6e-15	57.9
LXL04_024816	`PF13417.13`	GST_N_3	8	79	1.3e-13	51.7
LXL04_024816	`PF13409.13`	GST_N_2	13	79	3.5e-12	47.5
LXL04_024816	`PF00043.31`	GST_C	115	195	5e-11	43.4
LXL04_024816	`PF13410.12`	GST_C_2	122	191	7.5e-09	36.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHH7`	拟南芥	Glutathione S-transferase U25	51.364%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZRW8`	拟南芥	Glutathione S-transferase U19	48.848%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情