LXL04_024813 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024813

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 99443686-99448059 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2868 bp · LXL04_024813|LXL04_024813|OH1004|cDNA

ATGGGTGAAAGATTATTGTCAGTCACTCCCTCTGATAGAGCTCTTGAACAGGCGATCGTGGCTTTAAAGAAAGGGGCATATATATTGAAGTATGGCCGAAGAGGGAAGCCGAAATTATGCCCCTTCAGACTATCAACGGATGAAAGAACTTTAATGTGGTTTTCCGGCAATGAAGAAAAACAACTTCAGCTAAGCTCCGTTAGGAACCTTGTTCGTGGCCATGGGACTAGGAAACTTCAACCAGAAAGAGAATGTCATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2868 bp · LXL04_024813|LXL04_024813|OH1004|CDS

ATGGGTGAAAGATTATTGTCAGTCACTCCCTCTGATAGAGCTCTTGAACAGGCGATCGTGGCTTTAAAGAAAGGGGCATATATATTGAAGTATGGCCGAAGAGGGAAGCCGAAATTATGCCCCTTCAGACTATCAACGGATGAAAGAACTTTAATGTGGTTTTCCGGCAATGAAGAAAAACAACTTCAGCTAAGCTCCGTTAGGAACCTTGTTCGTGGCCATGGGACTAGGAAACTTCAACCAGAAAGAGAATGTCATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

955 aa · LXL04_024813|LXL04_024813|OH1004|PROTEIN

MGERLLSVTPSDRALEQAIVALKKGAYILKYGRRGKPKLCPFRLSTDERTLMWFSGNEEKQLQLSSVRNLVRGHGTRKLQPERECHSFSLIYMNNQAQCSLDLICKDKLQADSWFLGLKALISRCRELGHSENRRGAQSCVNSPSSFLRRKCNMGLSKETTKMSQVRSVCGSPIPESISDRCFSDGLSYSSDSFYSRSSLSSTQNFTENLPPYSPCMKSEEPKKNKNPKSVSRFSTQTTLEVQPNPKRTKLSDVLIWGEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024813`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024813

位置 Chr05:99443686-99448059 (-)

描述 Similar to PRAF1: PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76950`	能结合磷脂酸和磷脂肌醇类，如PtdIns3P、PtdIns(3,4)P(2)、PtdIns(3,4,5)P(3)和PtdIns(4,5)P(2)。	暂无已核实直接文献
`At5g63860`	UV-B 特异性信号成分，充当 UV-B 光感受器，在植物中建立紫外线防护反应中发挥关键作用。	A UV-B-specific signaling component orchestrates plant UV protection.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0507187102 UV-B promotes rapid nuclear translocation of the Arabidopsis UV-B specific signaling component UVR8 and activates its function in the nucleus.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053330 UV-B signaling pathways with different fluence-rate response profiles are distinguished in mature Arabidopsis leaf tissue by requirement for UVR8, HY5, and HYH.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.108456 Interaction of COP1 and UVR8 regulates UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.4 UVR8 in Arabidopsis thaliana regulates multiple aspects of cellular differentiation during leaf development in response to ultraviolet B radiation.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02855.x Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107 Functional interaction of the circadian clock and UV RESISTANCE LOCUS 8-controlled UV-B signaling pathways in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04573.x Perception of UV-B by the Arabidopsis UVR8 protein.2011 · DOI: 10.1126/science.1200660 UVR8 mediates UV-B-induced Arabidopsis defense responses against Botrytis cinerea by controlling sinapate accumulation.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss025 C-terminal region of the UV-B photoreceptor UVR8 initiates signaling through interaction with the COP1 protein.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1210898109 In vivo function of tryptophans in the Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101451 The UV-B photoreceptor UVR8 promotes photosynthetic efficiency in Arabidopsis thaliana exposed to elevated levels of UV-B.2012 · DOI: 10.1007/s11120-012-9785-y

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024813 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010374 stomatal complex development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0035091 phosphatidylinositol binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0070300 phosphatidic acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76950

hsa:8925

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.517

排名 1 · LXL04_024813 · OH-1004

细胞核0.316

排名 2 · LXL04_024813 · OH-1004

细胞膜0.237

排名 3 · LXL04_024813 · OH-1004

高尔基体0.060

排名 4 · LXL04_024813 · OH-1004

内质网0.050

排名 5 · LXL04_024813 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16457.12PH_1216-122 aa

PF25390.2WD40_RLD253-628 aa

PF00415.25RCC1320-364 aa

PF13540.13RCC1_2351-379 aa

PF00415.25RCC1367-411 aa

PF13540.13RCC1_2398-426 aa

PF00415.25RCC1415-463 aa

PF00415.25RCC1478-525 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024813	`PF16457.12`	PH_12	16	122	1.4e-07	32.7
LXL04_024813	`PF25390.2`	WD40_RLD	253	628	9.9e-74	249.5
LXL04_024813	`PF00415.25`	RCC1	320	364	1.6e-66	221.4
LXL04_024813	`PF13540.13`	RCC1_2	351	379	1.7e-30	104.7
LXL04_024813	`PF00415.25`	RCC1	367	411	1.6e-66	221.4
LXL04_024813	`PF13540.13`	RCC1_2	398	426	1.7e-30	104.7
LXL04_024813	`PF00415.25`	RCC1	415	463	1.6e-66	221.4
LXL04_024813	`PF00415.25`	RCC1	478	525	1.6e-66	221.4
LXL04_024813	`PF25384.2`	Alsin_RLD	531	609	3.5e-12	46.9
LXL04_024813	`PF13540.13`	RCC1_2	565	594	1.7e-30	104.7
LXL04_024813	`PF00415.25`	RCC1	581	630	1.6e-66	221.4
LXL04_024813	`PF01363.28`	FYVE	643	701	1.6e-11	44.9
LXL04_024813	`PF08381.17`	BRX	891	946	8e-26	89.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q947D2`	拟南芥	PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1	49.799%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN03`	拟南芥	Ultraviolet-B receptor UVR8	32.796%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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