RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024625
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 95394565-95399634 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1491 bp · LXL04_024625|LXL04_024625|OH1004|cDNA

ATGAAATGGGTGTCCGGAAATTGGGAATTAATCTGCTTAACGGTGGTTCTTGGATGGCTATTTTACAAGTTTTTGAAGGCTAGAAAATGGGGTCTGGTAGATAAACAAGAGGATGACCACCCCCTCCGCCTTCAACCGCCAAGGGGCAGCTCAGGTTGGCCGTTGATCGGAGAAACAATAGAGTTTATTGCCTCTGGATTCACGTCTCGTCCGGTTAGTTTCATGGAGAAACGGAAGTCTCTTTACGGAAAGGTGTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · LXL04_024625|LXL04_024625|OH1004|CDS

ATGAAATGGGTGTCCGGAAATTGGGAATTAATCTGCTTAACGGTGGTTCTTGGATGGCTATTTTACAAGTTTTTGAAGGCTAGAAAATGGGGTCTGGTAGATAAACAAGAGGATGACCACCCCCTCCGCCTTCAACCGCCAAGGGGCAGCTCAGGTTGGCCGTTGATCGGAGAAACAATAGAGTTTATTGCCTCTGGATTCACGTCTCGTCCGGTTAGTTTCATGGAGAAACGGAAGTCTCTTTACGGAAAGGTGTTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

496 aa · LXL04_024625|LXL04_024625|OH1004|PROTEIN

MKWVSGNWELICLTVVLGWLFYKFLKARKWGLVDKQEDDHPLRLQPPRGSSGWPLIGETIEFIASGFTSRPVSFMEKRKSLYGKVFKTHILGRPIIVSTDPDVNKVVLQNQGNVFIPSYPKSVIELLGESSILQINGGLQKRLHAIIGGFLRSPQFKARITKDIENSVKLTFSSWMQRENTHHPLYLQDETKKITFQILVRVLMSLEPGEDMEFLKREFMEVIKGLICLPIKLPGFRMYKSLQAKERMLKMVRKIVDDRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024625
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024625
位置Chr05:95394565-95399634 (+)
描述Similar to CYP90C1: 3-epi-6-deoxocathasterone 23-monooxygenase CYP90C1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g36380 参与油菜素甾醇的生物合成。
Changes in the shapes of leaves and flowers upon overexpression of cytochrome P450 in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.16.9433
CYP90C1 and CYP90D1 are involved in different steps in the brassinosteroid biosynthesis pathway in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02330.x
C-23 hydroxylation by Arabidopsis CYP90C1 and CYP90D1 reveals a novel shortcut in brassinosteroid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.045443
The ROTUNDIFOLIA3 gene of Arabidopsis thaliana encodes a new member of the cytochrome P-450 family that is required for the regulated polar elongation of leaf cells.1998 · DOI: 10.1101/gad.12.15.2381
At3g13730 参与油菜素甾醇的生物合成。
CYP90C1 and CYP90D1 are involved in different steps in the brassinosteroid biosynthesis pathway in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02330.x
C-23 hydroxylation by Arabidopsis CYP90C1 and CYP90D1 reveals a novel shortcut in brassinosteroid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.045443

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2WLP4 催化油菜素甾醇生物合成中的C6氧化步骤（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
Os01g0197100 催化油菜素甾醇生物合成中的 C6 氧化步骤。
A rice brassinosteroid-deficient mutant, ebisu dwarf (d2), is caused by a loss of function of a new member of cytochrome P450.2003 · DOI: 10.1105/tpc.014712
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024625 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010268 brassinosteroid homeostasis 生物过程
GO:0016125 sterol metabolic process 生物过程
GO:0016132 brassinosteroid biosynthetic process 生物过程
GO:0042814 monopolar cell growth 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048441 petal development 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0005506 iron ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G13730
ath:AT4G36380
bdi:100839691
dosa:Os01g0197100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.915
排名 1 · LXL04_024625 · OH-1004
高尔基体0.037
排名 2 · LXL04_024625 · OH-1004
细胞质0.036
排名 3 · LXL04_024625 · OH-1004
细胞膜0.033
排名 4 · LXL04_024625 · OH-1004
细胞核0.032
排名 5 · LXL04_024625 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00067.28p45047-476 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024625PF00067.28p450474762.2e-56192.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M066拟南芥3-epi-6-deoxocathasterone 23-monooxygenase CYP90C167.406%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94IA6拟南芥3-epi-6-deoxocathasterone 23-monooxygenase CYP90D151.732%Swiss-Prot强数据库同源证据
A2WLP4水稻Cytochrome P450 90D248.337%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q94IW5水稻Cytochrome P450 90D248.337%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看