LXL04_024624 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024624

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 95351134-95353400 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1854 bp · LXL04_024624|LXL04_024624|OH1004|cDNA

ATGGCGGCCTCTCTCTCCTCTATCTCCGCCCTTCGCATCAAACTTCATAGACATTCCTTCAATACCAGGCTTATTGCTTCCTCGTCTTCAAACCCCCAACAGTTCTTCATTATTTCACCCCATCTTCCCCCAAAACGCCGTTTCATTAGGCCTTTCTCCCTCAAGTTATCAAGAAGTTTCTCAATTAACCCCGTATTCAATGATGATAAGAAGAACAGTAACCCTAGCTTTCACCATTTCATCGCTCAAGCTCAAGCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1854 bp · LXL04_024624|LXL04_024624|OH1004|CDS

ATGGCGGCCTCTCTCTCCTCTATCTCCGCCCTTCGCATCAAACTTCATAGACATTCCTTCAATACCAGGCTTATTGCTTCCTCGTCTTCAAACCCCCAACAGTTCTTCATTATTTCACCCCATCTTCCCCCAAAACGCCGTTTCATTAGGCCTTTCTCCCTCAAGTTATCAAGAAGTTTCTCAATTAACCCCGTATTCAATGATGATAAGAAGAACAGTAACCCTAGCTTTCACCATTTCATCGCTCAAGCTCAAGCGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

617 aa · LXL04_024624|LXL04_024624|OH1004|PROTEIN

MAASLSSISALRIKLHRHSFNTRLIASSSSNPQQFFIISPHLPPKRRFIRPFSLKLSRSFSINPVFNDDKKNSNPSFHHFIAQAQATALTASDATQADDVPSSEVLPRGRIYQETYGCQMNVNDMEIVLSVMKKAGYDEIVNDPESAEIIFINTCAIRDNAEQRVWQRLNYFWFLKRHWKSNVATGRSHSLHPPKVVVLGCMAERLKDKILDSDKMVDVVCGPDAYRDLPRLLAEVENGQKGINTLLSLEETYADISPVR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024624`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024624

位置 Chr05:95351134-95353400 (+)

描述 Similar to At4g36390: CDK5RAP1-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36390`	可能调节CDK5活性的潜在调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0592800`	可能调节CDK5活性的潜在调控因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024624 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0045736 negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0045737 positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 生物过程

GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程

GO:0045903 positive regulation of translational fidelity 生物过程

GO:0060255 regulation of macromolecule metabolic process 生物过程

GO:0070131 positive regulation of mitochondrial translation 生物过程

GO:0070900 mitochondrial tRNA modification 生物过程

GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36390

dosa:Os11g0592800

hsa:51654

mmu:66971

rno:252827

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.765

排名 1 · LXL04_024624 · OH-1004

线粒体0.257

排名 2 · LXL04_024624 · OH-1004

细胞核0.043

排名 3 · LXL04_024624 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_024624 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_024624 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00919.27UPF0004110-222 aa

PF04055.28Radical_SAM270-464 aa

PF01938.27TRAM520-594 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024624	`PF00919.27`	UPF0004	110	222	4.2e-25	88.3
LXL04_024624	`PF04055.28`	Radical_SAM	270	464	5e-26	92.6
LXL04_024624	`PF01938.27`	TRAM	520	594	1.2e-07	32.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0V1`	拟南芥	CDK5RAP1-like protein	72.662%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2R1U4`	水稻	CDK5RAP1-like protein	74.952%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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