LXL04_024621 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024621

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 95341331-95342630 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · LXL04_024621|LXL04_024621|OH1004|cDNA

ATGGCTTACTCAGTCACCTTCTTCATGGTTCTCATTTCCATTGTGTCTCTAGCCAATGCATCCAACCTCTACCCTCAGTTCTATGACCACTCCTGCCCCAAGGCTAAAGAAATCGTAAAGTCAGTTGTCGCAAAAGCCGTCGCAAAAGAGGCTCGCATGGCTGCTTCTTTGCTTAGACTCCATTTCCACGATTGTTTCGTCAAGGGTTGCGATGCTTCAATACTTCTCGACAATGGTGGTAGCATAATCAGCGAGAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · LXL04_024621|LXL04_024621|OH1004|CDS

ATGGCTTACTCAGTCACCTTCTTCATGGTTCTCATTTCCATTGTGTCTCTAGCCAATGCATCCAACCTCTACCCTCAGTTCTATGACCACTCCTGCCCCAAGGCTAAAGAAATCGTAAAGTCAGTTGTCGCAAAAGCCGTCGCAAAAGAGGCTCGCATGGCTGCTTCTTTGCTTAGACTCCATTTCCACGATTGTTTCGTCAAGGGTTGCGATGCTTCAATACTTCTCGACAATGGTGGTAGCATAATCAGCGAGAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · LXL04_024621|LXL04_024621|OH1004|PROTEIN

MAYSVTFFMVLISIVSLANASNLYPQFYDHSCPKAKEIVKSVVAKAVAKEARMAASLLRLHFHDCFVKGCDASILLDNGGSIISEKGSVPNRNSARGFEVVDQIKAALEKACPQTVSCADALALAARDSTVLAGGPCWEVPLGRRDSLGASLSGSNQNIPAPNNTFQTILTKFKLKGLDIVDFVTLSGSHTIGNARCTSFRQRLYNNTGKGQPDFSLDQSYAAKLRQNCPRSGGDQNLFFLDPVSPTKFDNSYYKNLIAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024621`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024621

位置 Chr05:95341331-95342630 (+)

描述 Similar to PER72: Peroxidase 72

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66390`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At2g18150`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At4g36430`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At2g18140`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At3g50990`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0044347 cell wall polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0004601 peroxidase activity 分子功能

GO:0020037 heme binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18140

ath:AT2G18150

ath:AT3G50990

ath:AT4G36430

ath:AT5G66390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.399

排名 1 · LXL04_024621 · OH-1004

溶酶体／液泡0.205

排名 2 · LXL04_024621 · OH-1004

细胞质0.161

排名 3 · LXL04_024621 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 4 · LXL04_024621 · OH-1004

内质网0.085

排名 5 · LXL04_024621 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00141.29peroxidase39-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024621	`PF00141.29`	peroxidase	39	287	5.9e-86	288.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJZ9`	拟南芥	Peroxidase 72	69.162%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SI16`	拟南芥	Peroxidase 15	66.172%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23237`	拟南芥	Peroxidase 49	69.205%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SI17`	拟南芥	Peroxidase 14	65.798%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SD46`	拟南芥	Peroxidase 36	65.696%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情