LXL04_024503 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024503

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 92233593-92236782 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2250 bp · LXL04_024503|LXL04_024503|OH1004|cDNA

ATGGTATCGACCCAAAGCGTGGTTGTTGTAGGCGGGCTTACCGAGAAAACCCACCGCCATCGGTGGTGGCGTGCGAACGAAAATGGCGGCGTTCCGTCGACTCTCTCTTTTCTGTTTGTATCGTTTATGGTGTTTAGTTCAATTGGGTTTTTGTATACGTATATGATGTACAAGAGCCCTAATTCAGTAGGTTGTGAAGAGGACAGTGAGGGATCGTGGTCCATTGGAGTTTTCTATGGCGATTCGCCGTTTTCGCTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2250 bp · LXL04_024503|LXL04_024503|OH1004|CDS

ATGGTATCGACCCAAAGCGTGGTTGTTGTAGGCGGGCTTACCGAGAAAACCCACCGCCATCGGTGGTGGCGTGCGAACGAAAATGGCGGCGTTCCGTCGACTCTCTCTTTTCTGTTTGTATCGTTTATGGTGTTTAGTTCAATTGGGTTTTTGTATACGTATATGATGTACAAGAGCCCTAATTCAGTAGGTTGTGAAGAGGACAGTGAGGGATCGTGGTCCATTGGAGTTTTCTATGGCGATTCGCCGTTTTCGCTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

749 aa · LXL04_024503|LXL04_024503|OH1004|PROTEIN

MVSTQSVVVVGGLTEKTHRHRWWRANENGGVPSTLSFLFVSFMVFSSIGFLYTYMMYKSPNSVGCEEDSEGSWSIGVFYGDSPFSLKPIEAMNVWENTSAAWPVANPIVTCGSVTDSGFPSNFVADPFLYVQGNVLYLFFETKNPITMQGDIGVAKSVDNGASWEQLGVVLDEEWHLSYPYVFDYNGQIYMMPEGSKKGDLRVYRAVNFPFKWDLEKIILKRPLIDSFVIKYESRYYLFGSDHTRITTRKNGELEIWYSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024503`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024503

位置 Chr05:92233593-92236782 (-)

描述 Similar to GINT1: Glucosamine inositolphosphorylceramide transferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04500`	糖基转移酶，介导糖基肌醇磷酸神经酰胺的糖基化，GIPC 是质膜中的主要鞘脂。	GLUCOSAMINE INOSITOLPHOSPHORYLCERAMIDE TRANSFERASE1 (GINT1) Is a GlcNAc-Containing Glycosylinositol Phosphorylceramide Glycosyltransferase.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00396

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0540000`	必需蛋白质。	GLUCOSAMINE INOSITOLPHOSPHORYLCERAMIDE TRANSFERASE1 (GINT1) Is a GlcNAc-Containing Glycosylinositol Phosphorylceramide Glycosyltransferase.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00396
`UniProt: A2Y6Z7`	必需蛋白质。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024503 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006044 N-acetylglucosamine metabolic process 生物过程

GO:0006688 glycosphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0015012 heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030210 heparin proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G04500

dme:Dmel_CG15110

dme:Dmel_CG8433

dosa:Os05g0540000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.673

排名 1 · LXL04_024503 · OH-1004

内质网0.199

排名 2 · LXL04_024503 · OH-1004

细胞质0.091

排名 3 · LXL04_024503 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 4 · LXL04_024503 · OH-1004

溶酶体／液泡0.054

排名 5 · LXL04_024503 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24793.2GINT1_N65-368 aa

PF09258.17Glyco_transf_64502-733 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024503	`PF24793.2`	GINT1_N	65	368	7.5e-172	571.0
LXL04_024503	`PF09258.17`	Glyco_transf_64	502	733	1.1e-61	209.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WB7`	拟南芥	Glucosamine inositolphosphorylceramide transferase 1	59.737%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53WK1`	水稻	Glucosamine inositolphosphorylceramide transferase 1	55.540%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2Y6Z7`	水稻	Glucosamine inositolphosphorylceramide transferase 1	55.396%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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