LXL04_024488 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024488

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 91918416-91926623 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2883 bp · LXL04_024488|LXL04_024488|OH1004|cDNA

ATGGAAACGGCGGAGGGGAGGCCAAATGTGGAAAGATGGACCGCTTACCGTCGCGAGGTAAAGAAGATCAGTCTAATCGCGGTGCCCATGGTGGTGGTTGCGGCGTTGCAGTACCTGATGCAAATGGCGGCGGTGGTAATGGTGGGACATGTTGATCAACTATCTCTCTCTAGCCTCGCCATTGCCACCTCTCTAACAAATGTCACCGGTTTCAGTCTTCTCTCAGGACTTGTTGGAGGATTAGAGACCCTTTGTGGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2883 bp · LXL04_024488|LXL04_024488|OH1004|CDS

ATGGAAACGGCGGAGGGGAGGCCAAATGTGGAAAGATGGACCGCTTACCGTCGCGAGGTAAAGAAGATCAGTCTAATCGCGGTGCCCATGGTGGTGGTTGCGGCGTTGCAGTACCTGATGCAAATGGCGGCGGTGGTAATGGTGGGACATGTTGATCAACTATCTCTCTCTAGCCTCGCCATTGCCACCTCTCTAACAAATGTCACCGGTTTCAGTCTTCTCTCAGGACTTGTTGGAGGATTAGAGACCCTTTGTGGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

960 aa · LXL04_024488|LXL04_024488|OH1004|PROTEIN

METAEGRPNVERWTAYRREVKKISLIAVPMVVVAALQYLMQMAAVVMVGHVDQLSLSSLAIATSLTNVTGFSLLSGLVGGLETLCGQAYGAKQHNKIGVYTCSAIISLLLVSIPISVSWIFLDKFLILIHQDPQISHEARKYSLYLIPALFFGAIVKPLVRSLQSQSLTLPLLVSAALVLCFHVPLCWVLVFKLKMGGPGAAVAFSVSNLFYLILIVFYVRFSSTCENTRVTFSMDAVRGIKEFFRFAVPSAVMICLKWW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024488`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024488

位置 Chr05:91918416-91926623 (+)

描述 Similar to DTX14: Protein DETOXIFICATION 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71140`	蛋白 DETOXIFICATION 14。	暂无已核实直接文献
`At2g04080`	蛋白 DETOXIFICATION 2。	暂无已核实直接文献
`At2g04040`	植物源生物碱、抗生素、重金属和其他有毒化合物的外排载体。	Functional cloning and characterization of a plant efflux carrier for multidrug and heavy metal detoxification.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m108777200
`At2g04050`	蛋白质解毒3（DETOXIFICATION 3）。	暂无已核实直接文献
`At1g64820`	蛋白 DETOXIFICATION 7。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024488 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015691 cadmium ion transport 生物过程

GO:0042908 xenobiotic transport 生物过程

GO:1990961 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015297 antiporter activity 分子功能

GO:0015562 efflux transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0042910 xenobiotic transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71140

ath:AT2G04040

ath:AT2G04080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.578

排名 1 · LXL04_024488 · OH-1004

溶酶体／液泡0.172

排名 2 · LXL04_024488 · OH-1004

内质网0.156

排名 3 · LXL04_024488 · OH-1004

细胞质0.088

排名 4 · LXL04_024488 · OH-1004

高尔基体0.065

排名 5 · LXL04_024488 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01554.24MatE29-189 aa

PF01554.24MatE250-392 aa

PF01554.24MatE733-892 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024488	`PF01554.24`	MatE	29	189	1.3e-78	262.9
LXL04_024488	`PF01554.24`	MatE	250	392	1.3e-78	262.9
LXL04_024488	`PF01554.24`	MatE	733	892	1.3e-78	262.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C994`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 14	53.281%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GXM8`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 2	52.279%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SIA5`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 1	52.547%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SIA4`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 3	52.547%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1PFG9`	拟南芥	Protein DETOXIFICATION 7	49.344%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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