LXL04_024463 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024463

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 91380652-91383774 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_024463|LXL04_024463|OH1004|cDNA

ATGGGAAACATCGGCCCCTTGATCAGAGGTTACCTCACGAAACTAAAGCAAGCATCGGTTTTATGGCTCGAAGGTTTTCGAGAAGCTTGCTGTCTTCACAGAGTCATCATCTACTGTCTCAGGTCGAGGCAACTAATGACTCGCACCGGACAGTGCTTTCTCTTGAACGGTCTTATCTTTTTAGGGAGTGTTTTGATCCTAAGATCTCTAATCATTCCAACACTACATTGGATATTGCCCTTTGAAGTCTCGGGTGGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_024463|LXL04_024463|OH1004|CDS

ATGGGAAACATCGGCCCCTTGATCAGAGGTTACCTCACGAAACTAAAGCAAGCATCGGTTTTATGGCTCGAAGGTTTTCGAGAAGCTTGCTGTCTTCACAGAGTCATCATCTACTGTCTCAGGTCGAGGCAACTAATGACTCGCACCGGACAGTGCTTTCTCTTGAACGGTCTTATCTTTTTAGGGAGTGTTTTGATCCTAAGATCTCTAATCATTCCAACACTACATTGGATATTGCCCTTTGAAGTCTCGGGTGGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_024463|LXL04_024463|OH1004|PROTEIN

MGNIGPLIRGYLTKLKQASVLWLEGFREACCLHRVIIYCLRSRQLMTRTGQCFLLNGLIFLGSVLILRSLIIPTLHWILPFEVSGGDQDACLPQMPIRLYAFFRLGLLQLIYALWFYPLYIFSFILSTIWYISFKALCNKFIFYEFVFCLLITMKLHKYGGIKSVPNQPNKSSSQNQVSPSSSNALVLSGTETSKKCDLTTTTSSQPKNLGDGTSSGKSISIISSHGTSEIPYGKNPSRWPRPAWHAPLKNYRVISGHLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024463`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024463

位置 Chr05:91380652-91383774 (+)

描述 Similar to At4g06676: Protein EI24 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g06676`	EI24 同源蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g15900`	葡萄糖、应激和激素反应的多效调节剂。	Regulatory interaction of PRL1 WD protein with Arabidopsis SNF1-like protein kinases.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.9.5322 SKP1-SnRK protein kinase interactions mediate proteasomal binding of a plant SCF ubiquitin ligase.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.11.2742 Regulation of plant innate immunity by three proteins in a complex conserved across the plant and animal kingdoms.2007 · DOI: 10.1101/gad.1559607 Signaling from an altered cell wall to the nucleus mediates sugar-responsive growth and development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.049965 Characterization of Arabidopsis and rice DWD proteins and their roles as substrate receptors for CUL4-RING E3 ubiquitin ligases.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055418 Modulation of O-mediated retrograde signaling by the PLEIOTROPIC RESPONSE LOCUS 1 (PRL1) protein, a central integrator of stress and energy signaling.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03935.x Pleiotropic regulatory locus 1 (PRL1) integrates the regulation of sugar responses with isoprenoid metabolism in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/mp/ssp100 Pleiotropic control of glucose and hormone responses by PRL1, a nuclear WD protein, in Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1101/gad.12.19.3059
`At3g16650`	多效性调节因子。	暂无已核实直接文献
`At3g43300`	通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。	Effector-triggered immunity blocks pathogen degradation of an immunity-associated vesicle traffic regulator in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1103338108

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16650

ath:AT3G43300

ath:AT4G06676

ath:AT4G15900

mmu:53317

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.354

排名 1 · LXL04_024463 · OH-1004

细胞核0.258

排名 2 · LXL04_024463 · OH-1004

细胞质0.194

排名 3 · LXL04_024463 · OH-1004

线粒体0.153

排名 4 · LXL04_024463 · OH-1004

高尔基体0.137

排名 5 · LXL04_024463 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00400.39WD40252-285 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024463	`PF00400.39`	WD40	252	285	2e-07	31.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5BPL5`	拟南芥	Protein EI24 homolog	59.200%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q42384`	拟南芥	Protein pleiotropic regulatory locus 1	48.649%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q39190`	拟南芥	Protein pleiotropic regulator PRL2	42.553%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4IXW2`	拟南芥	Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 5	56.322%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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