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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024446
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 90900139-90902815 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2403 bp · LXL04_024446|LXL04_024446|OH1004|cDNA

ATGTCGGAAATGAGAAATGAATTTACCTTGATGAAATTAAGaaagagaagagaagagaagggaagATCAGATCTCAGACCAGACCAGACGACTTTTTCTGTTACACGTACAGGAAGAACAACAGGATTCTTCTTCGATTCGATCTCATTCAAAGCTAGTTATTATATCTACTCTCTTCGTATACTTACACATATTATCAAAATTCAAAGCAAGAGAGAGGAATTTATCTGGAAAGGAGAGAAGAAAATGGTGTTAGGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2403 bp · LXL04_024446|LXL04_024446|OH1004|CDS

ATGTCGGAAATGAGAAATGAATTTACCTTGATGAAATTAAGAAAGAGAAGAGAAGAGAAGGGAAGATCAGATCTCAGACCAGACCAGACGACTTTTTCTGTTACACGTACAGGAAGAACAACAGGATTCTTCTTCGATTCGATCTCATTCAAAGCTAGTTATTATATCTACTCTCTTCGTATACTTACACATATTATCAAAATTCAAAGCAAGAGAGAGGAATTTATCTGGAAAGGAGAGAAGAAAATGGTGTTAGGATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

800 aa · LXL04_024446|LXL04_024446|OH1004|PROTEIN

MSEMRNEFTLMKLRKRREEKGRSDLRPDQTTFSVTRTGRTTGFFFDSISFKASYYIYSLRILTHIIKIQSKREEFIWKGEKKMVLGWRRAFCTSVPREGDSTSMASMDEIECEHVVDDVNSCSSTPKFGRRFGFFSSYSNPSTPPLRSQSVSSPSLRCRTTAAVPAPSSSVPVSPKLRCETKNSPRCFIRSSNPSSPRSSSPLSFLRSSLRLCTRRCGLCLQSLKRGQGMATFTAECSHCFHFPCIADHVKKQGSLACPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024446
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024446
位置Chr05:90900139-90902815 (-)
描述Similar to WAV3: E3 ubiquitin-protein ligase WAV3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g49665 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At2g22680 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At4g37890 可能的E3泛素蛋白连接酶，参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At5g65683 可能的 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024446 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程
GO:0010274 hydrotropism 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0030212 hyaluronan metabolic process 生物过程
GO:0034097 response to cytokine 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0031012 extracellular matrix 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22680
ath:AT4G37890
ath:AT5G49665
ath:AT5G65683
hsa:3700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.392
排名 1 · LXL04_024446 · OH-1004
细胞质0.322
排名 2 · LXL04_024446 · OH-1004
细胞膜0.280
排名 3 · LXL04_024446 · OH-1004
质体0.093
排名 4 · LXL04_024446 · OH-1004
内质网0.069
排名 5 · LXL04_024446 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2216-261 aa
PF17123.12zf-RING_11217-246 aa
PF00092.35VWA416-522 aa
PF13768.13VWA_3416-549 aa
PF13519.13VWA_2417-521 aa
PF25243.2WAV3_C669-740 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024446PF13639.13zf-RING_22162611.4e-0732.4
LXL04_024446PF17123.12zf-RING_112172468.4e-0729.3
LXL04_024446PF00092.35VWA4165221.3e-1249.0
LXL04_024446PF13768.13VWA_34165491.8e-1145.0
LXL04_024446PF13519.13VWA_24175212.3e-1557.8
LXL04_024446PF25243.2WAV3_C6697402.3e-29101.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTA6拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase WAV343.984%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9ZQ46拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase WAVH143.140%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4JSV3拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA4041.250%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0WQX9拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase WAVH239.691%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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