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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_024423
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 90143485-90145617 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2133 bp · LXL04_024423|LXL04_024423|OH1004|cDNA

ATGATCCAAATCTCGTCATACCCTTTACATCACTTCACTCATTTGCTTAAAACATGCATTTCTCATAGAGATCTCTTAACCGGAAAATCTCTCCACGCCCTCTACATCAAAACCGTCATCCCTCCTTCCACTTACCTTTCCAATCACTTCATCCTCCTCTACTCCAAATGTCGGCGTCTCTGCGCCGCCCGCAACGCCTTTGATGGTATCCCACATCCAAATGTCTTCTCCTTCAACACTATTGTCTCCGCCTACGCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2133 bp · LXL04_024423|LXL04_024423|OH1004|CDS

ATGATCCAAATCTCGTCATACCCTTTACATCACTTCACTCATTTGCTTAAAACATGCATTTCTCATAGAGATCTCTTAACCGGAAAATCTCTCCACGCCCTCTACATCAAAACCGTCATCCCTCCTTCCACTTACCTTTCCAATCACTTCATCCTCCTCTACTCCAAATGTCGGCGTCTCTGCGCCGCCCGCAACGCCTTTGATGGTATCCCACATCCAAATGTCTTCTCCTTCAACACTATTGTCTCCGCCTACGCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

710 aa · LXL04_024423|LXL04_024423|OH1004|PROTEIN

MIQISSYPLHHFTHLLKTCISHRDLLTGKSLHALYIKTVIPPSTYLSNHFILLYSKCRRLCAARNAFDGIPHPNVFSFNTIVSAYAKESQPLIAHQLFDQIPEPDLVSYNTLISAYADRGDTQPALHLFMEMRELGFDMDGFTFSAAITAACKDIWLIRQLHKLAISGGFNAYTSVNNSLVTYYSKNGYLDDAKSIFDSMGSDKDEVTWNSMIVAHSQHREGLEALELYRKMVYLELPIDTFSFASVLTAFTCLEDLRGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_024423
TK1151 IDTkA06G145470
OH-1004 IDLXL04_024423
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)80.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 71.972
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_024423
位置Chr05:90143485-90145617 (-)
描述Similar to PCMP-H79: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49710
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g49710 含五重复肽序列的蛋白At3g49710。 暂无已核实直接文献
At2g22070 含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献
At1g68930 推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024423 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT2G22070
ath:AT3G02010
ath:AT3G49710
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.641
排名 1 · LXL04_024423 · OH-1004
质体0.204
排名 2 · LXL04_024423 · OH-1004
细胞核0.058
排名 3 · LXL04_024423 · OH-1004
细胞质0.038
排名 4 · LXL04_024423 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_024423 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854.14PPR_1103-133 aa
PF13812.13PPR_3103-138 aa
PF13041.13PPR_2104-153 aa
PF01535.27PPR107-137 aa
PF13041.13PPR_2205-251 aa
PF01535.27PPR207-233 aa
PF13041.13PPR_2306-353 aa
PF01535.27PPR383-410 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_024423PF12854.14PPR_11031336.9e-43144.8
LXL04_024423PF13812.13PPR_31031389.2e-2896.8
LXL04_024423PF13041.13PPR_21041531.9e-69230.3
LXL04_024423PF01535.27PPR1071374.6e-61199.6
LXL04_024423PF13041.13PPR_22052511.9e-69230.3
LXL04_024423PF01535.27PPR2072334.6e-61199.6
LXL04_024423PF13041.13PPR_23063531.9e-69230.3
LXL04_024423PF01535.27PPR3834104.6e-61199.6
LXL04_024423PF13812.13PPR_34094569.2e-2896.8
LXL04_024423PF13041.13PPR_24104581.9e-69230.3
LXL04_024423PF29070.1MSC6_N4115063.2e-1350.3
LXL04_024423PF13812.13PPR_34334939.2e-2896.8
LXL04_024423PF12854.14PPR_14775086.9e-43144.8
LXL04_024423PF01535.27PPR4845094.6e-61199.6
LXL04_024423PF20431.5E_motif5275894.6e-2072.3
LXL04_024423PF14432.13DYW_deaminase6327104.7e-30104.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M2Y7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4971060.028%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SHZ8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2207036.788%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic36.428%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9S7F4拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151037.481%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9CAA8拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g6893034.951%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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