LXL04_024404 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024404

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 89700712-89702292 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

555 bp · LXL04_024404|LXL04_024404|OH1004|cDNA

ATGGGTTTATGGGAAGTTTTTCTCAATTGGCTTCGAAGCCTCTTTTTCAAGCAAGAAATGGAGCTCTCTCTAATAGGCCTCCAAAATGCTGGGAAAACTTCACTTGTTAATGTTGTCGCTACTGGTGGATATAGTGAAGATATGATCCCTACGGTTGGATTTAACATGCGTAAAGTAACTAAAGGAAATGTAACAATAAAGTTATGGGATCTTGGTGGTCAACCACGGTTTCGCAGTATGTGGGAAAGATATTGTCGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · LXL04_024404|LXL04_024404|OH1004|CDS

ATGGGTTTATGGGAAGTTTTTCTCAATTGGCTTCGAAGCCTCTTTTTCAAGCAAGAAATGGAGCTCTCTCTAATAGGCCTCCAAAATGCTGGGAAAACTTCACTTGTTAATGTTGTCGCTACTGGTGGATATAGTGAAGATATGATCCCTACGGTTGGATTTAACATGCGTAAAGTAACTAAAGGAAATGTAACAATAAAGTTATGGGATCTTGGTGGTCAACCACGGTTTCGCAGTATGTGGGAAAGATATTGTCGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

184 aa · LXL04_024404|LXL04_024404|OH1004|PROTEIN

MGLWEVFLNWLRSLFFKQEMELSLIGLQNAGKTSLVNVVATGGYSEDMIPTVGFNMRKVTKGNVTIKLWDLGGQPRFRSMWERYCRAVSAIVYVVDAADPDNLNISKSELHDLLSKPSLNGIPLLVLGNKIDKDGALSKQSLTDQMDLKSITDREVCCYMISCKNSTNIDSVIDWLIKHSKSKT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024404`
TK1151 ID	TkA06G147140
OH-1004 ID	LXL04_024404
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024404

位置 Chr05:89700712-89702292 (+)

描述 Similar to ARL8A: ADP-ribosylation factor-like protein 8a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49870`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g67560`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g37680`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g49860`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024404 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49860

ath:AT3G49870

ath:AT5G37680

ath:AT5G67560

gga:421175

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.397

排名 1 · LXL04_024404 · OH-1004

高尔基体0.346

排名 2 · LXL04_024404 · OH-1004

溶酶体／液泡0.199

排名 3 · LXL04_024404 · OH-1004

内质网0.194

排名 4 · LXL04_024404 · OH-1004

细胞膜0.156

排名 5 · LXL04_024404 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf9-178 aa

PF08477.20Roc22-132 aa

PF09439.17SRPRB22-146 aa

PF00071.29Ras23-179 aa

PF01926.30MMR_HSR123-130 aa

PF04670.19Gtr1_RagA24-146 aa

PF00503.27G-alpha49-131 aa

PF00009.34GTP_EFTU55-180 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024404	`PF00025.28`	Arf	9	178	1e-45	156.1
LXL04_024404	`PF08477.20`	Roc	22	132	7.1e-16	59.2
LXL04_024404	`PF09439.17`	SRPRB	22	146	1.5e-07	31.7
LXL04_024404	`PF00071.29`	Ras	23	179	6.9e-17	62.2
LXL04_024404	`PF01926.30`	MMR_HSR1	23	130	2.5e-07	31.5
LXL04_024404	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	24	146	2.2e-09	37.8
LXL04_024404	`PF00503.27`	G-alpha	49	131	5.4e-06	26.5
LXL04_024404	`PF00009.34`	GTP_EFTU	55	180	8.7e-06	26.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY57`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8a	91.803%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93Y31`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8b	90.659%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W4C8`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8c	82.065%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IZ82`	拟南芥	ADP-ribosylation factor-like protein 8d	78.916%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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