LXL04_024214 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024214

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 84692426-84694990 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2565 bp · LXL04_024214|LXL04_024214|OH1004|cDNA

ATGTTCAAGGCACTCGCCATTCCTCAGCTCTCGTTTTCCCCCAAACACTACTCTACCCAGACACACACGGTTACTTCCGTGAAAAGAACATTCTCCCACATATACCAACAATGCTCACTTCAAAAGACCCTTCATCATGGAAAAGAAGCGCATGCTCACATGATTGTATCCGGGTTCAAACCCACCATCTTCGTCACAAATTGTCTTATCCAGATGTACATAAAATGTACGAACATGGAGTACGCTCATAAAGTGTTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2565 bp · LXL04_024214|LXL04_024214|OH1004|CDS

ATGTTCAAGGCACTCGCCATTCCTCAGCTCTCGTTTTCCCCCAAACACTACTCTACCCAGACACACACGGTTACTTCCGTGAAAAGAACATTCTCCCACATATACCAACAATGCTCACTTCAAAAGACCCTTCATCATGGAAAAGAAGCGCATGCTCACATGATTGTATCCGGGTTCAAACCCACCATCTTCGTCACAAATTGTCTTATCCAGATGTACATAAAATGTACGAACATGGAGTACGCTCATAAAGTGTTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

854 aa · LXL04_024214|LXL04_024214|OH1004|PROTEIN

MFKALAIPQLSFSPKHYSTQTHTVTSVKRTFSHIYQQCSLQKTLHHGKEAHAHMIVSGFKPTIFVTNCLIQMYIKCTNMEYAHKVFDRMPQRDTISWNAMVFGYAGIGLLSIAQEMFDSMPERDIVSWNTLISGYLHNGSCWKSLEVFTRIRRENVELDATTFAVVLKACLGLDDHTLGIQIHGLLIRLGFVHDVVAGSATVDMYAKCKKLNESITFFNEMPVKNWVSWSALIAGCVQNDEFLSGLKLFKNMQKEGLGVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024214`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024214

位置 Chr05:84692426-84694990 (-)

描述 Similar to PCMP-E90: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02330`	参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。	MEF13 Requires MORF3 and MORF8 for RNA Editing at Eight Targets in Mitochondrial mRNAs in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2015.05.008
`At4g39530`	含五聚肽重复序列的蛋白At4g39530。	暂无已核实直接文献
`At3g09040`	含五肽重复序列的蛋白 At3g09040，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02330

ath:AT3G09040

ath:AT4G39530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.690

排名 1 · LXL04_024214 · OH-1004

质体0.197

排名 2 · LXL04_024214 · OH-1004

细胞核0.042

排名 3 · LXL04_024214 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_024214 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_024214 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2123-170 aa

PF01535.27PPR126-156 aa

PF13041.13PPR_2225-272 aa

PF01535.27PPR227-257 aa

PF13041.13PPR_2328-373 aa

PF13041.13PPR_2429-476 aa

PF01535.27PPR431-459 aa

PF13041.13PPR_2531-578 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024214	`PF13041.13`	PPR_2	123	170	1e-91	301.6
LXL04_024214	`PF01535.27`	PPR	126	156	3.3e-83	269.0
LXL04_024214	`PF13041.13`	PPR_2	225	272	1e-91	301.6
LXL04_024214	`PF01535.27`	PPR	227	257	3.3e-83	269.0
LXL04_024214	`PF13041.13`	PPR_2	328	373	1e-91	301.6
LXL04_024214	`PF13041.13`	PPR_2	429	476	1e-91	301.6
LXL04_024214	`PF01535.27`	PPR	431	459	3.3e-83	269.0
LXL04_024214	`PF13041.13`	PPR_2	531	578	1e-91	301.6
LXL04_024214	`PF01535.27`	PPR	532	561	3.3e-83	269.0
LXL04_024214	`PF13812.13`	PPR_3	626	677	8.5e-30	103.4
LXL04_024214	`PF12854.14`	PPR_1	629	659	1.2e-42	144.0
LXL04_024214	`PF13041.13`	PPR_2	631	679	1e-91	301.6
LXL04_024214	`PF01535.27`	PPR	633	662	3.3e-83	269.0
LXL04_024214	`PF29070.1`	MSC6_N	634	727	3.6e-13	50.1
LXL04_024214	`PF17177.11`	PPR_long	650	729	2.7e-19	70.1
LXL04_024214	`PF20431.5`	E_motif	750	810	7.9e-22	78.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWA6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial	57.044%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SVA5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530	34.223%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SS83`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial	32.787%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	34.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	33.684%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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