LXL04_024138 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024138

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 82161547-82163150 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1227 bp · LXL04_024138|LXL04_024138|OH1004|cDNA

ATGGGGTTGAACGCGACTACACTGGTGTCAGGGAACGCTAAAGATGAGAACGCTCTTGCCGCCCAATATCAACTAATGAACTACATGTCCACACACATGTTTGTACGTAGATTGGTGTCTCAAAAACGAAGGCGTTTGTTGGTTGGTGGTTATGACCTTGACATGTCATACATCACTGACCGTATATTAGCCATGTCATTTCCCGCAGAACGAATGAGAGCCATATATCGAAATCCAATGTGGCAAGTCAAAGAAGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · LXL04_024138|LXL04_024138|OH1004|CDS

ATGGGGTTGAACGCGACTACACTGGTGTCAGGGAACGCTAAAGATGAGAACGCTCTTGCCGCCCAATATCAACTAATGAACTACATGTCCACACACATGTTTGTACGTAGATTGGTGTCTCAAAAACGAAGGCGTTTGTTGGTTGGTGGTTATGACCTTGACATGTCATACATCACTGACCGTATATTAGCCATGTCATTTCCCGCAGAACGAATGAGAGCCATATATCGAAATCCAATGTGGCAAGTCAAAGAAGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · LXL04_024138|LXL04_024138|OH1004|PROTEIN

MGLNATTLVSGNAKDENALAAQYQLMNYMSTHMFVRRLVSQKRRRLLVGGYDLDMSYITDRILAMSFPAERMRAIYRNPMWQVKEVLEMRHSGHYKVFNLCIEQDYDPSHFNDRVERFPFDDNHVPPLPLIKEFCESVHSWLSSDPKNIVVIHCMAGKGRTGLMVSSYLVYSGLLAEEALQVYADKRTTNNLGVTIPSQRRYVNYWQKSLSFPEGCLPEVNIPKPSNREFLQIRLHDAKSLETVFFVVSEMQEVSGQRYR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024138`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024138

位置 Chr05:82161547-82163150 (-)

描述 Similar to PTEN1: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and protein-tyrosine-phosphatase PTEN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39400`	蛋白质酪氨酸磷酸酶，还表现出脂质磷酸酶活性。	A tumor suppressor homolog, AtPTEN1, is essential for pollen development in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.005702

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006661 phosphatidylinositol biosynthetic process 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0007056 spindle assembly involved in female meiosis 生物过程

GO:0007188 adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0016477 cell migration 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39400

cfa:403832

ddi:DDB_G0286557

hsa:5728

mmu:19211

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.536

排名 1 · LXL04_024138 · OH-1004

细胞核0.290

排名 2 · LXL04_024138 · OH-1004

细胞膜0.182

排名 3 · LXL04_024138 · OH-1004

内质网0.111

排名 4 · LXL04_024138 · OH-1004

高尔基体0.110

排名 5 · LXL04_024138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22784.2PTP-SAK97-180 aa

PF22785.2Tc-R-P115-173 aa

PF10409.16PTEN_C2289-366 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024138	`PF22784.2`	PTP-SAK	97	180	4.8e-08	33.9
LXL04_024138	`PF22785.2`	Tc-R-P	115	173	7e-10	40.1
LXL04_024138	`PF10409.16`	PTEN_C2	289	366	1.6e-12	48.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLZ5`	拟南芥	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and protein-tyrosine-phosphatase PTEN1	57.644%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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