LXL04_024107 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024107

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81212959-81215049 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2091 bp · LXL04_024107|LXL04_024107|OH1004|cDNA

ATGGCAATGTCCGCCCTGATACGGCCACCACATTTCATTGCGCTTGAACATGACACTCTCAAACTCCTAAAATACTTAGCGGGAACTAGAAACCTTGAGCTCGGTAAAGTAATTCACGCCCGTTTGATTGTCTCTGATCAATCCTCTGAATATAATACACTCGAGACCAACGCGCTGATCGACCTTTACTCCAAATGTGCGGCACTGGGATCTGCACGCCAAGTGTTCGATAAAATGACCAAACGAGATGTAGTTTCCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2091 bp · LXL04_024107|LXL04_024107|OH1004|CDS

ATGGCAATGTCCGCCCTGATACGGCCACCACATTTCATTGCGCTTGAACATGACACTCTCAAACTCCTAAAATACTTAGCGGGAACTAGAAACCTTGAGCTCGGTAAAGTAATTCACGCCCGTTTGATTGTCTCTGATCAATCCTCTGAATATAATACACTCGAGACCAACGCGCTGATCGACCTTTACTCCAAATGTGCGGCACTGGGATCTGCACGCCAAGTGTTCGATAAAATGACCAAACGAGATGTAGTTTCCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

696 aa · LXL04_024107|LXL04_024107|OH1004|PROTEIN

MAMSALIRPPHFIALEHDTLKLLKYLAGTRNLELGKVIHARLIVSDQSSEYNTLETNALIDLYSKCAALGSARQVFDKMTKRDVVSWSSLMAGLFQNGFSFEVLKSFNSMVSENDEFCQPNEYIFTLVLSSCSTLRYIQLGRQCHGYVLKSGLIFYEYVKNALVRLYSMMPDVVGAMEVLVSVPGYNTCTYNLILNGLIEHNYLHEASDIVKKMLTEQIMWDKSTYITIFTLCARLQDPYLGQQVHNKLLKSDIEFDVYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024107`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024107

位置 Chr05:81212959-81215049 (+)

描述 Similar to EMB2744: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39680

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39680`	含有五肽重复序列的蛋白质 At5g39680。	暂无已核实直接文献
`At4g30700`	含五重复肽序列的蛋白At4g30700。	暂无已核实直接文献
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At3g23330`	推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024107 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27610

ath:AT4G30700

ath:AT5G39680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.683

排名 1 · LXL04_024107 · OH-1004

质体0.187

排名 2 · LXL04_024107 · OH-1004

细胞核0.044

排名 3 · LXL04_024107 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_024107 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_024107 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2187-234 aa

PF13041.13PPR_2287-335 aa

PF13812.13PPR_3288-335 aa

PF01535.27PPR290-319 aa

PF13041.13PPR_2388-436 aa

PF01535.27PPR391-420 aa

PF29070.1MSC6_N392-485 aa

PF17177.11PPR_long407-508 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024107	`PF13041.13`	PPR_2	187	234	8.7e-54	180.1
LXL04_024107	`PF13041.13`	PPR_2	287	335	8.7e-54	180.1
LXL04_024107	`PF13812.13`	PPR_3	288	335	5.5e-24	84.7
LXL04_024107	`PF01535.27`	PPR	290	319	8.8e-48	158.0
LXL04_024107	`PF13041.13`	PPR_2	388	436	8.7e-54	180.1
LXL04_024107	`PF01535.27`	PPR	391	420	8.8e-48	158.0
LXL04_024107	`PF29070.1`	MSC6_N	392	485	2.8e-12	47.2
LXL04_024107	`PF17177.11`	PPR_long	407	508	2.5e-10	40.8
LXL04_024107	`PF13812.13`	PPR_3	412	471	5.5e-24	84.7
LXL04_024107	`PF20431.5`	E_motif	508	568	1.3e-16	61.3
LXL04_024107	`PF14432.13`	DYW_deaminase	604	696	1.1e-39	134.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK93`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39680	47.267%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUH6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700	36.364%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	36.646%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	35.014%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LW63`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330	33.193%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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