LXL04_024085 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024085

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 80747405-80749440 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

880 bp · LXL04_024085|LXL04_024085|OH1004|cDNA

ATGTCGAAAACACATTCAAATGACGACACACATGAGTTACCCATCGTTACAATTGAAACACCAGAAAATCAACACCTTAAAGTCTCTACATTATCTCAAACTCATTACCCTCCCGGTTTTTTCCGAAAGgTGGTAGCTGAGGTGGTTGCTACCTTCTTGTTGGTGTTTGTGACATGTGGTTCGGCGGCACTTGCCACCACAAGCAATGAACAAAAGGTGTCTCAACTTGGAGCCTCGCTTGCTGGTGGCCTCATTGTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

858 bp · LXL04_024085|LXL04_024085|OH1004|CDS

ATGTCGAAAACACATTCAAATGACGACACACATGAGTTACCCATCGTTACAATTGAAACACCAGAAAATCAACACCTTAAAGTCTCTACATTATCTCAAACTCATTACCCTCCCGGTTTTTTCCGAAAGGTGGTAGCTGAGGTGGTTGCTACCTTCTTGTTGGTGTTTGTGACATGTGGTTCGGCGGCACTTGCCACCACAAGCAATGAACAAAAGGTGTCTCAACTTGGAGCCTCGCTTGCTGGTGGCCTCATTGTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

285 aa · LXL04_024085|LXL04_024085|OH1004|PROTEIN

MSKTHSNDDTHELPIVTIETPENQHLKVSTLSQTHYPPGFFRKVVAEVVATFLLVFVTCGSAALATTSNEQKVSQLGASLAGGLIVTVMIYAVGHISGAHMNPAVTLAFAVVGHFRWNQVPIYAAAQLTGSISASFCLRILLQQVKHLGTTTPSGTDSQALIMEIIVTFAMMFVTSAVATDSKAVGELAGIAVGSAVCITSILAGPVSGGSMNPVRTIGPALASNNYKGIWVYIVGPITGTISGVMCYNFIRATDNPIQT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024085`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024085

位置 Chr05:80747405-80749440 (-)

描述 Similar to NIP2-1: Aquaporin NIP2-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0745100`	硅流入转运蛋白，负责将硅从外部溶液运输到根细胞。	A silicon transporter in rice.2006 · DOI: 10.1038/nature04590 An efflux transporter of silicon in rice.2007 · DOI: 10.1038/nature05964 Transporters of arsenite in rice and their role in arsenic accumulation in rice grain.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802361105 The rice aquaporin Lsi1 mediates uptake of methylated arsenic species.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.140350
`Os06g0228200`	参与硅在枝条中分布的硅转运蛋白。	A transporter regulating silicon distribution in rice shoots.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059311 Orchestration of three transporters and distinct vascular structures in node for intervascular transfer of silicon in rice.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1508987112

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015708 silicic acid import across plasma membrane 生物过程

GO:0015840 urea transport 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048226 Casparian strip 细胞组分

GO:0015115 silicate transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015267 channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os02g0745100

dosa:Os06g0228200

zma:541884

zma:542497

zma:542643

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.768

排名 1 · LXL04_024085 · OH-1004

细胞质0.143

排名 2 · LXL04_024085 · OH-1004

内质网0.074

排名 3 · LXL04_024085 · OH-1004

溶酶体／液泡0.067

排名 4 · LXL04_024085 · OH-1004

线粒体0.057

排名 5 · LXL04_024085 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00230.26MIP39-248 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024085	`PF00230.26`	MIP	39	248	1e-54	186.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6Z2T3`	水稻	Aquaporin NIP2-1	56.944%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67WJ8`	水稻	Aquaporin NIP2-2	54.237%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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