LXL04_024031 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024031

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 78221271-78226392 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2697 bp · LXL04_024031|LXL04_024031|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTGATCACCACCACCAACACCGTCCCAACCGCCTATCCCTCCCGCCACGCACCGCCATCCCAATCACCCCGTCGCGCCATTACCCTCCCTTCACTCCAACTCCTACCCCCTCCAAAAACCGCCACCGTCTGCCTTCCTTCACCGccacaaaaaacaaaaaaatctCTCCCTCATCCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTCCCTCCGGTCCCTCTACTCTCTCCTCCCGTTCCTCCAATCGTCACCATCGTCGTTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2697 bp · LXL04_024031|LXL04_024031|OH1004|CDS

ATGGCGTCTGATCACCACCACCAACACCGTCCCAACCGCCTATCCCTCCCGCCACGCACCGCCATCCCAATCACCCCGTCGCGCCATTACCCTCCCTTCACTCCAACTCCTACCCCCTCCAAAAACCGCCACCGTCTGCCTTCCTTCACCGCCACAAAAAACAAAAAAATCTCTCCCTCATCCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTCCCTCCGGTCCCTCTACTCTCTCCTCCCGTTCCTCCAATCGTCACCATCGTCGTTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

898 aa · LXL04_024031|LXL04_024031|OH1004|PROTEIN

MASDHHHQHRPNRLSLPPRTAIPITPSRHYPPFTPTPTPSKNRHRLPSFTATKNKKISPSSLFLLLFSLRSLYSLLPFLQSSPSSFSIFPFAFLVSLLSFLLTLSFSLFKQKSIFTFHQSITKSQQRVLFAKSILLTIVFLIRFQALRYCGTAAMILAETSGYVASHFLTRQNRSYTHLDRVGSNKVRGFFSLFLGLLLLSISWDRIECFPFSFINLGKLGFSSFIIANREKCVRVWPMLLPFLSGFLSGYEQGSINWGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024031`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024031

位置 Chr05:78221271-78226392 (+)

描述 Similar to MTP12: Metal tolerance protein 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g04620`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0422200`	参与将多余金属从细胞质隔离到液泡中以维持金属稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024031 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006882 intracellular zinc ion homeostasis 生物过程

GO:0030001 metal ion transport 生物过程

GO:0071578 zinc ion import across plasma membrane 生物过程

GO:1904257 zinc ion import into Golgi lumen 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031410 cytoplasmic vesicle 细胞组分

GO:1990674 Golgi cis cisterna membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G04620

bta:613851

dosa:Os08g0422200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.384

排名 1 · LXL04_024031 · OH-1004

高尔基体0.193

排名 2 · LXL04_024031 · OH-1004

细胞膜0.161

排名 3 · LXL04_024031 · OH-1004

细胞核0.148

排名 4 · LXL04_024031 · OH-1004

溶酶体／液泡0.146

排名 5 · LXL04_024031 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01545.27Cation_efflux413-685 aa

PF01929.24Ribosomal_L14e853-882 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024031	`PF01545.27`	Cation_efflux	413	685	3.5e-41	141.9
LXL04_024031	`PF01929.24`	Ribosomal_L14e	853	882	4.8e-08	34.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SI03`	拟南芥	Metal tolerance protein 12	81.507%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H329`	水稻	Metal tolerance protein 8	69.886%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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