LXL04_024020 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024020

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 77963340-77966137 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2184 bp · LXL04_024020|LXL04_024020|OH1004|cDNA

ATGAAGTCTCATTGCTCCCTTTTGGCCATTCTTCTCTTGGTTGTTACTTCTGTTATGCATGCTGGGTTTGCTCTTCCTTTGACACCACCATCCCCACCTACTGTTCCAGGCATACCATCATGTAACATCACACCTGCATCATCACCAACTGTATATCCGCCAAATATTAATCCACTACCATATCCATACTCACCCGTACCTGCTCTAACACCGTCTAATCCATCCATCCCTTCCCCGGCGGTGCCAGCCTACCCACCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2184 bp · LXL04_024020|LXL04_024020|OH1004|CDS

ATGAAGTCTCATTGCTCCCTTTTGGCCATTCTTCTCTTGGTTGTTACTTCTGTTATGCATGCTGGGTTTGCTCTTCCTTTGACACCACCATCCCCACCTACTGTTCCAGGCATACCATCATGTAACATCACACCTGCATCATCACCAACTGTATATCCGCCAAATATTAATCCACTACCATATCCATACTCACCCGTACCTGCTCTAACACCGTCTAATCCATCCATCCCTTCCCCGGCGGTGCCAGCCTACCCACCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

727 aa · LXL04_024020|LXL04_024020|OH1004|PROTEIN

MKSHCSLLAILLLVVTSVMHAGFALPLTPPSPPTVPGIPSCNITPASSPTVYPPNINPLPYPYSPVPALTPSNPSIPSPAVPAYPPIGTPAATPPSPVVIGHGGKPLPIPSISPPIPTPSIVSPPIPGAPVYCNTTPPVPTPLPSNPLNFTPPSTPPYVGPIPPAQPPIIPIYPILTPPPPPPPVTPVTPPTPSPKTPPFPNPPPGTTPPPSPYSPNPPLSPAPTPRVLPPSPITPPGLSPSPYAPNPPHFPTPAPRVPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024020`
TK1151 ID	TkA06G186640
OH-1004 ID	LXL04_024020
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024020

位置 Chr05:77963340-77966137 (+)

描述 Similar to GASA14: Gibberellin-regulated protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14920`	赤霉素调控蛋白，可能在发育的激素控制步骤中发挥作用，如种子萌发、开花和种子成熟。	暂无已核实直接文献
`At1g75750`	赤霉素调控蛋白，可能在发育的激素控制步骤中发挥作用，如种子萌发、开花和种子成熟。	暂无已核实直接文献
`At5g15230`	赤霉素调节蛋白参与花分生组织和花器官特性的调节，以及促进种子大小和重量。	GASA4, one of the 14-member Arabidopsis GASA family of small polypeptides, regulates flowering and seed development.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm016 The Arabidopsis cysteine-rich protein GASA4 promotes GA responses and exhibits redox activity in bacteria and in planta.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04390.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024020 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75750

ath:AT5G14920

ath:AT5G15230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.655

排名 1 · LXL04_024020 · OH-1004

内质网0.120

排名 2 · LXL04_024020 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 3 · LXL04_024020 · OH-1004

细胞质0.073

排名 4 · LXL04_024020 · OH-1004

细胞核0.026

排名 5 · LXL04_024020 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02704.20GASA667-727 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024020	`PF02704.20`	GASA	667	727	1.6e-16	60.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFR3`	拟南芥	Gibberellin-regulated protein 14	38.235%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P46689`	拟南芥	Gibberellin-regulated protein 1	49.180%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P46690`	拟南芥	Gibberellin-regulated protein 4	45.161%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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