LXL04_023954 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023954

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 75602378-75603532 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

657 bp · LXL04_023954|LXL04_023954|OH1004|cDNA

ATGTTTCTGTCCGTGTTTTGGTCAATCCCAATCCGCGTTTTACCAATTTCTTCCGTGTTTTGCCCAATCCTTACGCGTTCTGAAAAAATGGTCCGCGTTTTCCCGATTGCTTCCGCGTTTTGGGCTTGTTTCAGTTTTTTACCCGGCCCAAGTAATataaaccctaaaaccctaaTCCTAGTTCATCGGCCGTCACATTTCCAATCGGCGATTTCCGGCGATGTATTTTCCGGCCAGGCGATTTCCGGCGAAGTAATCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

657 bp · LXL04_023954|LXL04_023954|OH1004|CDS

ATGTTTCTGTCCGTGTTTTGGTCAATCCCAATCCGCGTTTTACCAATTTCTTCCGTGTTTTGCCCAATCCTTACGCGTTCTGAAAAAATGGTCCGCGTTTTCCCGATTGCTTCCGCGTTTTGGGCTTGTTTCAGTTTTTTACCCGGCCCAAGTAATATAAACCCTAAAACCCTAATCCTAGTTCATCGGCCGTCACATTTCCAATCGGCGATTTCCGGCGATGTATTTTCCGGCCAGGCGATTTCCGGCGAAGTAATCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

218 aa · LXL04_023954|LXL04_023954|OH1004|PROTEIN

MFLSVFWSIPIRVLPISSVFCPILTRSEKMVRVFPIASAFWACFSFLPGPSNINPKTLILVHRPSHFQSAISGDVFSGQAISGEVILVAIKLNADKSPFQRTYAIQVESASALSFKKSKDVEKWHESCGLRFFKEQMSKADIAISSKPNILVDVHLDDVEARLGELESELIEINTNNEKLQRSYNEFRENISPENTSPEIVRPENTSLEIADWKCDGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023954`
TK1151 ID	TkAUNG018940
OH-1004 ID	LXL04_023954
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 86.697 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023954

位置 Chr05:75602378-75603532 (-)

描述 Similar to VHA-a3: V-type proton ATPase subunit a3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39080`	液泡质子泵的重要组成部分，V-ATPase 是一种催化质子跨膜易位的多聚酶。	Arabidopsis V-ATPase activity at the tonoplast is required for efficient nutrient storage but not for sodium accumulation.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913035107
`At2g28520`	液泡质子泵的重要组成部分，V-ATPase 是一种催化质子跨膜易位的多聚酶。	Reduced V-ATPase activity in the trans-Golgi network causes oxylipin-dependent hypocotyl growth Inhibition in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058362
`At2g21410`	液泡质子泵的重要组成部分，V-ATPase 是一种催化质子跨膜易位的多聚酶。	Arabidopsis V-ATPase activity at the tonoplast is required for efficient nutrient storage but not for sodium accumulation.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913035107

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023954 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006911 phagocytosis, engulfment 生物过程

GO:0007035 vacuolar acidification 生物过程

GO:0015986 proton motive force-driven ATP synthesis 生物过程

GO:0051453 regulation of intracellular pH 生物过程

GO:0070070 proton-transporting V-type ATPase complex assembly 生物过程

GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0000220 vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21410

ath:AT2G28520

ath:AT4G39080

ddi:DDB_G0291858

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.479

排名 1 · LXL04_023954 · OH-1004

细胞核0.387

排名 2 · LXL04_023954 · OH-1004

线粒体0.115

排名 3 · LXL04_023954 · OH-1004

细胞膜0.091

排名 4 · LXL04_023954 · OH-1004

内质网0.076

排名 5 · LXL04_023954 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4S4`	拟南芥	V-type proton ATPase subunit a3	48.148%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RWZ7`	拟南芥	V-type proton ATPase subunit a1	42.593%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJT7`	拟南芥	V-type proton ATPase subunit a2	49.074%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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