LXL04_023773 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023773

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 67932795-67938993 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2526 bp · LXL04_023773|LXL04_023773|OH1004|cDNA

ATGCACATACACATGAGACATTCCACAAGCGAATTAGCGAATCGGATAAGCAGAGCGCTGATCGCCGCCTCTCATCAGTCCGACCCGCCGCGGACATGGACTCCGGTACTCGAACAAACCCTCCATGGAATCGGTTGCCGCCACTCCCTCAACCCAACACTCGTTTCCCGAGTGATCGACCCTTTCCTCATCCACCACCATTCACTCGCACTCGGCTTCTTCAACTGGGCCTCTCAGCAACCAGGATTCACCCACTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2526 bp · LXL04_023773|LXL04_023773|OH1004|CDS

ATGCACATACACATGAGACATTCCACAAGCGAATTAGCGAATCGGATAAGCAGAGCGCTGATCGCCGCCTCTCATCAGTCCGACCCGCCGCGGACATGGACTCCGGTACTCGAACAAACCCTCCATGGAATCGGTTGCCGCCACTCCCTCAACCCAACACTCGTTTCCCGAGTGATCGACCCTTTCCTCATCCACCACCATTCACTCGCACTCGGCTTCTTCAACTGGGCCTCTCAGCAACCAGGATTCACCCACTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

841 aa · LXL04_023773|LXL04_023773|OH1004|PROTEIN

MHIHMRHSTSELANRISRALIAASHQSDPPRTWTPVLEQTLHGIGCRHSLNPTLVSRVIDPFLIHHHSLALGFFNWASQQPGFTHSSISYQSILKSLSISRQSAAVDTLMKQVKTSKIQLNPSLYRSIIASHIAAKRSLNAFSVFNDVRFLVPDIGPDTCNSLVAALSSAGNLGYTHQVFDQMTTRHIRLSTLGIGVFLWKFSRTAELDKTLSFLDDVKTQNPDINGSILALLILHGLSSENRVHEAMYMLDLLRKKDCK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023773`
TK1151 ID	TkA06G221140
OH-1004 ID	LXL04_023773
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.524 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023773

位置 Chr05:67932795-67938993 (-)

描述 Similar to At5g14080: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14080

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14080`	含五重复肽基序蛋白At5g14080。	暂无已核实直接文献
`At5g64320`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g64320，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献
`At5g65560`	含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。	暂无已核实直接文献
`At5g16420`	含五肽复合重复序列的线粒体蛋白 At5g16420。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023773 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0032543 mitochondrial translation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14080

ath:AT5G64320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.520

排名 1 · LXL04_023773 · OH-1004

质体0.184

排名 2 · LXL04_023773 · OH-1004

细胞核0.164

排名 3 · LXL04_023773 · OH-1004

细胞质0.088

排名 4 · LXL04_023773 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 5 · LXL04_023773 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long388-515 aa

PF13812.13PPR_3398-447 aa

PF13041.13PPR_2404-437 aa

PF01535.27PPR405-433 aa

PF12854.14PPR_1405-429 aa

PF29070.1MSC6_N414-531 aa

PF13812.13PPR_3424-480 aa

PF13041.13PPR_2435-482 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023773	`PF17177.11`	PPR_long	388	515	1.1e-09	38.7
LXL04_023773	`PF13812.13`	PPR_3	398	447	8.9e-23	80.9
LXL04_023773	`PF13041.13`	PPR_2	404	437	2.2e-44	150.0
LXL04_023773	`PF01535.27`	PPR	405	433	6.5e-29	98.8
LXL04_023773	`PF12854.14`	PPR_1	405	429	9.1e-29	99.6
LXL04_023773	`PF29070.1`	MSC6_N	414	531	2.8e-09	37.3
LXL04_023773	`PF13812.13`	PPR_3	424	480	8.9e-23	80.9
LXL04_023773	`PF13041.13`	PPR_2	435	482	2.2e-44	150.0
LXL04_023773	`PF12854.14`	PPR_1	466	498	9.1e-29	99.6
LXL04_023773	`PF13041.13`	PPR_2	470	519	2.2e-44	150.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMU2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g14080	49.137%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FMF6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g64320, mitochondrial	25.368%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	23.792%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LSL9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560	21.997%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFE3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial	24.532%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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