LXL04_022937 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022937

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 14321492-14333390 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5158 bp · LXL04_022937|LXL04_022937|OH1004|cDNA

GATCATGAATTTCAATGACATTACAATGATATCCGACTTAAATCCAAATATGGAGGATTATACACTCAAGGTTAGAATTATCCGTATTTGGAAATTCACTTCATGGGGAAATCCAAACGATGTTCGTGGTTTTGGGATGGTATTAATTGATGAGAAGGGTGATAGGATTGAATGTAATGTTGATAGGCCTCATAACATAAAATGGGAAAAAGTTCTTGAGGAATATGGAGCTTTTTATATTCACAACCCAACACTTGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

5088 bp · LXL04_022937|LXL04_022937|OH1004|CDS

ATGAATTTCAATGACATTACAATGATATCCGACTTAAATCCAAATATGGAGGATTATACACTCAAGGTTAGAATTATCCGTATTTGGAAATTCACTTCATGGGGAAATCCAAACGATGTTCGTGGTTTTGGGATGGTATTAATTGATGAGAAGGGTGATAGGATTGAATGTAATGTTGATAGGCCTCATAACATAAAATGGGAAAAAGTTCTTGAGGAATATGGAGCTTTTTATATTCACAACCCAACACTTGGTGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1695 aa · LXL04_022937|LXL04_022937|OH1004|PROTEIN

MNFNDITMISDLNPNMEDYTLKVRIIRIWKFTSWGNPNDVRGFGMVLIDEKGDRIECNVDRPHNIKWEKVLEEYGAFYIHNPTLGVNQASIKYADGRNKLFFIYNTTVDKCKTFDGPMNSFKFVDFQTILDNGVQTDLTIDLIGDVVQVYELETHAGPNKNTLKQTLVMEDLRGLKVFVTLWGDYASEVVNYISTHADISCLIMIIQFGRLNFFGGRVYVNNTMAATKIFINKDIEEIREFKKELLSIKGYDTASSTRTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022937`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022937

位置 Chr05:14321492-14333390 (+)

描述 Similar to RPA1A: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45400`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0776800`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物的组成部分。	Two types of replication protein A in seed plants.2005 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04719.x Replication protein A (RPA1a) is required for meiotic and somatic DNA repair but is dispensable for DNA replication and homologous recombination in rice.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142877

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022937 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0034502 protein localization to chromosome 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005662 DNA replication factor A complex 细胞组分

GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G45400

dosa:Os02g0776800

dre:327491

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · LXL04_022937 · OH-1004

细胞质0.128

排名 2 · LXL04_022937 · OH-1004

线粒体0.027

排名 3 · LXL04_022937 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 4 · LXL04_022937 · OH-1004

细胞外0.008

排名 5 · LXL04_022937 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02721.22DUF22310-131 aa

PF14214.12Helitron_like_N1050-1230 aa

PF23343.3REP_ORF2-G2P1156-1244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022937	`PF02721.22`	DUF223	10	131	4.6e-14	53.3
LXL04_022937	`PF14214.12`	Helitron_like_N	1050	1230	3.2e-56	191.3
LXL04_022937	`PF23343.3`	REP_ORF2-G2P	1156	1244	4.9e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHJ6`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C	25.506%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YZ49`	水稻	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A	23.116%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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