LXL04_022930 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022930

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 13921484-13944391 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5352 bp · LXL04_022930|LXL04_022930|OH1004|cDNA

atgaacatctatcccgttacggggatagtgttaccgatcccatcgcaagagataATGTGCTCACGATCCTtcgtcaaggatattgcacTAACGATCTTAATTGCGAGGATatgccgatcctataacaaggatgttgcccgggcgcggctctcaactcaatctaatGAGGAAGAGGAGAGCGTACGGGAGAAAAAATCGCACTCGTTACCTGGTGATGCGTCTGGGTTTAAGATGAGAGCGGGTGAGGAGTTTAATATACA...

CDS

下载 CDS FASTA

5352 bp · LXL04_022930|LXL04_022930|OH1004|CDS

ATGAACATCTATCCCGTTACGGGGATAGTGTTACCGATCCCATCGCAAGAGATAATGTGCTCACGATCCTTCGTCAAGGATATTGCACTAACGATCTTAATTGCGAGGATATGCCGATCCTATAACAAGGATGTTGCCCGGGCGCGGCTCTCAACTCAATCTAATGAGGAAGAGGAGAGCGTACGGGAGAAAAAATCGCACTCGTTACCTGGTGATGCGTCTGGGTTTAAGATGAGAGCGGGTGAGGAGTTTAATATACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1783 aa · LXL04_022930|LXL04_022930|OH1004|PROTEIN

MNIYPVTGIVLPIPSQEIMCSRSFVKDIALTILIARICRSYNKDVARARLSTQSNEEEESVREKKSHSLPGDASGFKMRAGEEFNIQDMVESRSALRGVEIEETVIKEAGSTTVIERNKINWVAWKVVLGSKKQGGLGVGSIASMNWALLIKWLWRFKNENTTLWRRVVCGLHNNSRKPVSSLSLKIPSGVWYNSIKSVDILVEVGIDIFSIFDIQVKGGENTLFWTDNWTGCGLLSERFPALFNLEKRKSSFIAERFED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022930`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022930

位置 Chr05:13921484-13944391 (-)

描述 Similar to NADKC: Calmodulin calcium-dependent NAD kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04280`	可能以钙/钙调蛋白依赖的方式将 NAD⁺ 磷酸化，生成 NADP⁺。	Identification of the Arabidopsis Calmodulin-Dependent NAD + Kinase That Sustains the Elicitor-Induced Oxidative Burst.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00912
`At1g65750`	推定的核糖核酸酶H蛋白At1g65750。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006741 NADP+ biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003951 NAD+ kinase activity 分子功能

GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.546

排名 1 · LXL04_022930 · OH-1004

细胞质0.294

排名 2 · LXL04_022930 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 3 · LXL04_022930 · OH-1004

内质网0.061

排名 4 · LXL04_022930 · OH-1004

质体0.051

排名 5 · LXL04_022930 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966.12zf-RVT322-393 aa

PF06414.19Zeta_toxin673-794 aa

PF05699.20Dimer_Tnp_hAT1578-1612 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022930	`PF13966.12`	zf-RVT	322	393	5.5e-12	46.9
LXL04_022930	`PF06414.19`	Zeta_toxin	673	794	7.2e-17	62.2
LXL04_022930	`PF05699.20`	Dimer_Tnp_hAT	1578	1612	2.4e-08	34.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WUY1`	拟南芥	Calmodulin calcium-dependent NAD kinase	58.551%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C2F6`	拟南芥	Putative ribonuclease H protein At1g65750	27.336%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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