LXL04_022895 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022895

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 12616391-12619246 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1131 bp · LXL04_022895|LXL04_022895|OH1004|cDNA

ATGGGAGAAAACGGCGAAACAAAATACGGGTCGTTCACATACGAAAGCCTGGAACGAGAACCATACTGGCCAACGGAAAAGCTGCGAGTGTCCATCACCGGAGCCGGTGGGTTCATAGCTTCACACATTGCCCGCCGATTGAAAACAGAAGGCCATTACATCATCGCTTCTGATTGGAAGAAAAACGAGCACATGTCTGAAGACATGTTCTGCCATGAGTTCCATCTTGTTGATCTTCGGGTCATGGATAACTGCTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_022895|LXL04_022895|OH1004|CDS

ATGGGAGAAAACGGCGAAACAAAATACGGGTCGTTCACATACGAAAGCCTGGAACGAGAACCATACTGGCCAACGGAAAAGCTGCGAGTGTCCATCACCGGAGCCGGTGGGTTCATAGCTTCACACATTGCCCGCCGATTGAAAACAGAAGGCCATTACATCATCGCTTCTGATTGGAAGAAAAACGAGCACATGTCTGAAGACATGTTCTGCCATGAGTTCCATCTTGTTGATCTTCGGGTCATGGATAACTGCTTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_022895|LXL04_022895|OH1004|PROTEIN

MGENGETKYGSFTYESLEREPYWPTEKLRVSITGAGGFIASHIARRLKTEGHYIIASDWKKNEHMSEDMFCHEFHLVDLRVMDNCLKVTEKVDHVFNLAADMGGMGFIQSNHSVIMYNNTMISFNMLEAARITGVKRFFYASSACIYPEFKQLETNVSLKESDAWPAEPQDAYGLEKLATEELCRHYTKDFGIECRIGRFHNIYGPFGTWKGGREKAPAAFCRKALTATDKFEMWGDGLQTRSFTFIDECVEGVLRLTKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022895`
TK1151 ID	TkA01G321520
OH-1004 ID	LXL04_022895
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	90.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.781 / OH-1004 60.372 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022895

位置 Chr05:12616391-12619246 (+)

描述 Similar to OsI_032456: GDP-mannose 3,5-epimerase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g28840`	催化GDP-D-甘露糖的可逆表异构化，此步骤在维生素C（L-抗坏血酸）生物合成的关键步骤之前发生，导致高能糖基焦磷酸键的水解。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2Z7B3`	催化GDP-D-甘露糖的可逆表异构化，此步骤在维生素C（L-抗坏血酸）生物合成的关键步骤之前发生，导致高能糖基焦磷酸键的水解。	暂无已核实直接文献
`Os10g0417600`	催化GDP-D-甘露糖的可逆表异构化，此步骤在维生素C（L-抗坏血酸）生物合成的关键步骤之前发生，导致高能糖基焦磷酸键的水解。	暂无已核实直接文献
`Os11g0591100`	催化GDP-D-甘露糖的可逆表异构化，此步骤在维生素C（L-抗坏血酸）生物合成的关键步骤之前发生，导致高能糖基焦磷酸键的水解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022895 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001503 ossification 生物过程

GO:0006024 glycosaminoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0015012 heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0019853 L-ascorbic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0030166 proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0030198 extracellular matrix organization 生物过程

GO:0033320 UDP-D-xylose biosynthetic process 生物过程

GO:0042732 D-xylose metabolic process 生物过程

GO:0050650 chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G28840

dosa:Os10g0417600

dosa:Os11g0591100

dre:192315

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.660

排名 1 · LXL04_022895 · OH-1004

细胞核0.316

排名 2 · LXL04_022895 · OH-1004

线粒体0.086

排名 3 · LXL04_022895 · OH-1004

质体0.074

排名 4 · LXL04_022895 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 5 · LXL04_022895 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370.28Epimerase31-269 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd32-330 aa

PF01073.263Beta_HSD32-183 aa

PF07993.19NAD_binding_487-205 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022895	`PF01370.28`	Epimerase	31	269	7.7e-46	157.2
LXL04_022895	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	32	330	1.3e-28	101.2
LXL04_022895	`PF01073.26`	3Beta_HSD	32	183	2e-09	37.6
LXL04_022895	`PF07993.19`	NAD_binding_4	87	205	3.3e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VR3`	拟南芥	GDP-mannose 3,5-epimerase	88.859%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2Z7B3`	水稻	GDP-mannose 3,5-epimerase 1	90.107%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A3C4S4`	水稻	GDP-mannose 3,5-epimerase 1	90.107%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q2R1V8`	水稻	GDP-mannose 3,5-epimerase 2	92.055%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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