LXL04_022846 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022846

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 10722141-10728699 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2568 bp · LXL04_022846|LXL04_022846|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCACTTCGTATACCATGGCTGTACTCTTGTTCTTGAGCTGCTTTCTGTGCTTTTACATTTCGCAATTTGCAGAAGCCGCTAACAATGTGAGTTACGATAGTCGGTCGCTCTTCATCGGAGGTGAAAGAAAGCTTCTTATTTCGGCTGCTATTCACTACCCTCGTAGTGTCCCTGCTATGTGGCCCGGATTGGTAAAAACAGCAAAAGAAGGAGGTATAGATGTGATAGAGACGTATGTATTCTGGAATGGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2568 bp · LXL04_022846|LXL04_022846|OH1004|CDS

ATGGCTTCCACTTCGTATACCATGGCTGTACTCTTGTTCTTGAGCTGCTTTCTGTGCTTTTACATTTCGCAATTTGCAGAAGCCGCTAACAATGTGAGTTACGATAGTCGGTCGCTCTTCATCGGAGGTGAAAGAAAGCTTCTTATTTCGGCTGCTATTCACTACCCTCGTAGTGTCCCTGCTATGTGGCCCGGATTGGTAAAAACAGCAAAAGAAGGAGGTATAGATGTGATAGAGACGTATGTATTCTGGAATGGTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

855 aa · LXL04_022846|LXL04_022846|OH1004|PROTEIN

MASTSYTMAVLLFLSCFLCFYISQFAEAANNVSYDSRSLFIGGERKLLISAAIHYPRSVPAMWPGLVKTAKEGGIDVIETYVFWNGHEPSPGNYYFGGRYDLPKFVKIVQDAGMLLILRIGPFVAAEWNFGGIPVWLHYVPGTVFRTDNEPFKHYMQNFTTLIVNMMKKDKFFASQGGPIILAQVENEYGFYETAYGEGGKSYTQWAAKMALSQNIGVPWIMCQQWDAPDPVINTCNSFYCDDFKPSYPTMPKIWTENWP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022846`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022846

位置 Chr05:10722141-10728699 (-)

描述 Similar to Os01g0875500: Beta-galactosidase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63810`	β-半乳糖苷酶 10。	暂无已核实直接文献
`At2g28470`	β-半乳糖苷酶8。	暂无已核实直接文献
`At4g36360`	β-半乳糖苷酶3。	暂无已核实直接文献
`At3g13750`	β-半乳糖苷酶1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0875500`	β-半乳糖苷酶3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022846 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0019388 galactose catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004565 beta-galactosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28470

ath:AT3G13750

ath:AT4G36360

ath:AT5G63810

dosa:Os01g0875500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.524

排名 1 · LXL04_022846 · OH-1004

溶酶体／液泡0.155

排名 2 · LXL04_022846 · OH-1004

细胞质0.111

排名 3 · LXL04_022846 · OH-1004

细胞膜0.109

排名 4 · LXL04_022846 · OH-1004

内质网0.109

排名 5 · LXL04_022846 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01301.26Glyco_hydro_3538-343 aa

PF17834.8GHD366-422 aa

PF21467.4BetaGal_gal-bd634-721 aa

PF02140.24SUEL_Lectin771-854 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022846	`PF01301.26`	Glyco_hydro_35	38	343	3e-116	389.2
LXL04_022846	`PF17834.8`	GHD	366	422	6.3e-24	84.2
LXL04_022846	`PF21467.4`	BetaGal_gal-bd	634	721	1.2e-26	93.4
LXL04_022846	`PF02140.24`	SUEL_Lectin	771	854	2.2e-12	47.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN08`	拟南芥	Beta-galactosidase 10	68.139%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCV4`	拟南芥	Beta-galactosidase 8	53.199%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCV9`	拟南芥	Beta-galactosidase 3	50.990%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCW1`	拟南芥	Beta-galactosidase 1	52.582%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N8X6`	水稻	Beta-galactosidase 3	62.470%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情