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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022839
当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 10644999-10646576 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1578 bp · LXL04_022839|LXL04_022839|OH1004|cDNA

ATGTTCAGCTTGCTCCATTTCCACTCAATATCTTCATTCTCTTCTTCAACCTCTGAACCCAAAGAATTTATATCAGAAAGTGTGTCAAAACCTTTACTTCTTTCACTTGAACCATCAAACGATGCCGATTTAATTTCCCAGATGCTTATCCAACACCATAACCCATTCCACACAATGGAATCCTCTCTGCAACTCAACGGAATCAAAATCTCCCCAAATCTCGTCCACCAAACCCTACTTCGTCTCAAAAACATCTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · LXL04_022839|LXL04_022839|OH1004|CDS

ATGTTCAGCTTGCTCCATTTCCACTCAATATCTTCATTCTCTTCTTCAACCTCTGAACCCAAAGAATTTATATCAGAAAGTGTGTCAAAACCTTTACTTCTTTCACTTGAACCATCAAACGATGCCGATTTAATTTCCCAGATGCTTATCCAACACCATAACCCATTCCACACAATGGAATCCTCTCTGCAACTCAACGGAATCAAAATCTCCCCAAATCTCGTCCACCAAACCCTACTTCGTCTCAAAAACATCTCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

525 aa · LXL04_022839|LXL04_022839|OH1004|PROTEIN

MFSLLHFHSISSFSSSTSEPKEFISESVSKPLLLSLEPSNDADLISQMLIQHHNPFHTMESSLQLNGIKISPNLVHQTLLRLKNISKVALAFFSWAKEQSHYSHDSHSYNLMIDILGKVRQFDVAWQLIIEMDQNGVNPTSTTFYVLIRRLISAGLTRQAIRAFDDMGCFVVNDSDLQQQQQEQQPVHDFYFLFDTLCKYGYPKVATEMFNKWKSWRFEPDAKIYTILIYGWCKINKPKMAERFFQEMVNNGIEPNVVTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022839
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022839
位置Chr05:10644999-10646576 (+)
描述Similar to At2g13420: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13420, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g13420 含五聚肽重复结构的蛋白 At2g13420，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g52640 含五三肽重复序列蛋白At1g52640，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g20300 含五肽重复的蛋白 At1g20300，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g71060 含五螺旋肽重复的蛋白 At1g71060，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g74900 线粒体nad1转录本第1个内含子反式剪接所必需；该转录本编码线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体Ⅰ）的ND1亚基。
The pentatricopeptide repeat gene OTP43 is required for trans-splicing of the mitochondrial nad1 Intron 1 in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054841

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022839 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20300
ath:AT1G52640
ath:AT1G71060
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.726
排名 1 · LXL04_022839 · OH-1004
质体0.153
排名 2 · LXL04_022839 · OH-1004
细胞核0.065
排名 3 · LXL04_022839 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_022839 · OH-1004
细胞膜0.010
排名 5 · LXL04_022839 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2105-151 aa
PF17177.11PPR_long178-316 aa
PF13041.13PPR_2193-234 aa
PF12854.14PPR_1218-249 aa
PF13812.13PPR_3218-267 aa
PF13041.13PPR_2220-269 aa
PF29070.1MSC6_N222-318 aa
PF01535.27PPR224-253 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022839PF13041.13PPR_21051518.6e-73241.0
LXL04_022839PF17177.11PPR_long1783165.3e-2279.0
LXL04_022839PF13041.13PPR_21932348.6e-73241.0
LXL04_022839PF12854.14PPR_12182494.5e-43145.4
LXL04_022839PF13812.13PPR_32182674.6e-37126.6
LXL04_022839PF13041.13PPR_22202698.6e-73241.0
LXL04_022839PF29070.1MSC6_N2223182e-1970.7
LXL04_022839PF01535.27PPR2242533.6e-44146.7
LXL04_022839PF17177.11PPR_long2413765.3e-2279.0
LXL04_022839PF12854.14PPR_12512704.5e-43145.4
LXL04_022839PF13041.13PPR_22833128.6e-73241.0
LXL04_022839PF13812.13PPR_32893454.6e-37126.6
LXL04_022839PF13041.13PPR_23043488.6e-73241.0
LXL04_022839PF23276.3TPR_243084231.6e-1970.9
LXL04_022839PF12854.14PPR_13313644.5e-43145.4
LXL04_022839PF13041.13PPR_23383818.6e-73241.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WP85拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13420, mitochondrial63.286%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SSR6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52640, mitochondrial31.304%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LN22拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial30.820%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9C9A2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial29.598%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9S7R4拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74900, mitochondrial28.261%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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