LXL04_022728 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022728

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 7068463-7077831 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

834 bp · LXL04_022728|LXL04_022728|OH1004|cDNA

ATGAGTTCAAATCCTAGCACTAGTAGCACCagcggtggcggtggtggaagtggtggtgGTGGGCCTTGCGGAGCTTGCAAGTTCTTGAGGAGGAAATGTGTTGCAGGGTGTATATTTGCACCATATTTCGATTCCGATCAAGGTGCAGCCCATTTCGCCGCCGTGCATAAAGTGTTTGGAGCTAGTAATGTCTCTAAACTCTTGTTTCATCTTCCTGTACAACGACGGCATGAGGCGGTGGTCACCATTTGTTATGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · LXL04_022728|LXL04_022728|OH1004|CDS

ATGAGTTCAAATCCTAGCACTAGTAGCACCAGCGGTGGCGGTGGTGGAAGTGGTGGTGGTGGGCCTTGCGGAGCTTGCAAGTTCTTGAGGAGGAAATGTGTTGCAGGGTGTATATTTGCACCATATTTCGATTCCGATCAAGGTGCAGCCCATTTCGCCGCCGTGCATAAAGTGTTTGGAGCTAGTAATGTCTCTAAACTCTTGTTTCATCTTCCTGTACAACGACGGCATGAGGCGGTGGTCACCATTTGTTATGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · LXL04_022728|LXL04_022728|OH1004|PROTEIN

MSSNPSTSSTSGGGGGSGGGGPCGACKFLRRKCVAGCIFAPYFDSDQGAAHFAAVHKVFGASNVSKLLFHLPVQRRHEAVVTICYEAQARLKDPVYGCISHIFALQQQSANVTPKILEGGNVLVGFAAHVLSQGTPVNQVVNLQAELSYFQAHLATLEGPSPQQIPPPQPTTLSPGITINDIQTPTSLLGSYDLSSLLEPMMTPSWNMQPPNRRQIDPRGFMSVGTTRALDMAPSQGSTGDLRELARELLQRPSSVSSMP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022728`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022728

位置 Chr05:7068463-7077831 (-)

描述 Similar to LBD30: LOB domain-containing protein 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00220`	参与气管元件分化的正向调节。	ASYMMETRIC LEAVES2-LIKE19/LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN30 and ASL20/LBD18 regulate tracheary element differentiation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061796
`At2g45420`	参与气管元件分化的正向调节。	ASYMMETRIC LEAVES2-LIKE19/LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN30 and ASL20/LBD18 regulate tracheary element differentiation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061796 LBD18/ASL20 regulates lateral root formation in combination with LBD16/ASL18 downstream of ARF7 and ARF19 in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143685 LBD18 acts as a transcriptional activator that directly binds to the EXPANSIN14 promoter in promoting lateral root emergence of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12013 The AP2/EREBP gene PUCHI Co-Acts with LBD16/ASL18 and LBD18/ASL20 downstream of ARF7 and ARF19 to regulate lateral root development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct081 EXPANSINA17 up-regulated by LBD18/ASL20 promotes lateral root formation during the auxin response.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct105 Lateral Organ Boundaries Domain16 and 18 Act Downstream of the AUXIN1 and LIKE-AUXIN3 Auxin Influx Carriers to Control Lateral Root Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00578
`At4g00210`	含LOB结构域的蛋白31。	暂无已核实直接文献
`At2g42430`	转录激活剂。	ARF7 and ARF19 regulate lateral root formation via direct activation of LBD/ASL genes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.047761 LBD18/ASL20 regulates lateral root formation in combination with LBD16/ASL18 downstream of ARF7 and ARF19 in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143685 The AP2/EREBP gene PUCHI Co-Acts with LBD16/ASL18 and LBD18/ASL20 downstream of ARF7 and ARF19 to regulate lateral root development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct081 Lateral Organ Boundaries Domain16 and 18 Act Downstream of the AUXIN1 and LIKE-AUXIN3 Auxin Influx Carriers to Control Lateral Root Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00578
`At3g03760`	含LOB结构域蛋白 20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022728 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010199 organ boundary specification between lateral organs and the meristem 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900150 regulation of defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000987 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42430

ath:AT2G45420

ath:AT3G03760

ath:AT4G00210

ath:AT4G00220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.940

排名 1 · LXL04_022728 · OH-1004

细胞质0.126

排名 2 · LXL04_022728 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_022728 · OH-1004

内质网0.032

排名 4 · LXL04_022728 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_022728 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03195.20LOB22-114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022728	`PF03195.20`	LOB	22	114	1e-33	116.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81323`	拟南芥	LOB domain-containing protein 30	51.092%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22131`	拟南芥	LOB domain-containing protein 18	48.425%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81322`	拟南芥	LOB domain-containing protein 31	42.041%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SLB7`	拟南芥	LOB domain-containing protein 16	69.091%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SRV3`	拟南芥	LOB domain-containing protein 20	78.947%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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