LXL04_022709 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022709

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 5816527-5817009 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

483 bp · LXL04_022709|LXL04_022709|OH1004|cDNA

ATGAGTATGTCTTTGGGTTCCAGTGAAAGACTTTTTCCTATCAATATGCTATGCCTATGTTTTGTTTTATGTCCCATTATGAATATCCTACAATTTCTTTTCCGTTTCATTCCCATCTTAAACCCGGTTCAATCCCACCACAATCACTTTCGTCAAAACCAATTTGGAAGTAGTCCTGTTTCAGAAGCTATGTTGACACGTGAATTTCTTGTGGTCACAAACTTCAAGAACATTGATCAAAGGAAAGATTTAGTGGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · LXL04_022709|LXL04_022709|OH1004|CDS

ATGAGTATGTCTTTGGGTTCCAGTGAAAGACTTTTTCCTATCAATATGCTATGCCTATGTTTTGTTTTATGTCCCATTATGAATATCCTACAATTTCTTTTCCGTTTCATTCCCATCTTAAACCCGGTTCAATCCCACCACAATCACTTTCGTCAAAACCAATTTGGAAGTAGTCCTGTTTCAGAAGCTATGTTGACACGTGAATTTCTTGTGGTCACAAACTTCAAGAACATTGATCAAAGGAAAGATTTAGTGGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

160 aa · LXL04_022709|LXL04_022709|OH1004|PROTEIN

MSMSLGSSERLFPINMLCLCFVLCPIMNILQFLFRFIPILNPVQSHHNHFRQNQFGSSPVSEAMLTREFLVVTNFKNIDQRKDLVEGCAICLTEFGGDDKIRCLENCTHIFHQSCLDRWMNHDQDCCPMCRRPVLPYACQGEYNKRLREVVTNDEFISLF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022709`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022709

位置 Chr05:5816527-5817009 (-)

描述 Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61460`	可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。	Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8
`At4g11360`	当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At4g11370`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At4g09100`	RING-H2 指蛋白 ATL39。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程

GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT3G61460

ath:AT4G09100

ath:AT4G11360

ath:AT4G11370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.269

排名 1 · LXL04_022709 · OH-1004

细胞质0.263

排名 2 · LXL04_022709 · OH-1004

细胞核0.210

排名 3 · LXL04_022709 · OH-1004

溶酶体／液泡0.206

排名 4 · LXL04_022709 · OH-1004

细胞膜0.175

排名 5 · LXL04_022709 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_288-131 aa

PF17123.12zf-RING_1188-116 aa

PF14634.13zf-RING_588-132 aa

PF12861.14zf-ANAPC1190-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022709	`PF13639.13`	zf-RING_2	88	131	1.3e-11	45.2
LXL04_022709	`PF17123.12`	zf-RING_11	88	116	1.3e-08	35.0
LXL04_022709	`PF14634.13`	zf-RING_5	88	132	1.8e-06	28.5
LXL04_022709	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	90	132	2.1e-06	28.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XF92`	拟南芥	Brassinosteroid-responsive RING protein 1	38.961%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUS5`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B	33.621%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUS4`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A	32.479%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GW38`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL47	31.757%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0R7`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL39	35.526%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情