LXL04_022686 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022686

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 4789116-4791851 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1755 bp · LXL04_022686|LXL04_022686|OH1004|cDNA

ATGGGCGTTCGCGGGAATTTCTGGGATATACTTAAACCCTATGCGCGAACAGAAGGGTTCGATTTCTTAAGAAACAAAAGGGTCGCCATTGATCTATCGTATTGGATTGTTCAACATGAAACCGCAATTAAAGTTCACACTAGAAACCCTCATCTCAGACTCACTTTCTTCCGTACCATCAATCTATTCTCCAAGTTTGGTGCTTTTCCAGTATTCGTGGTAGATGGAACCCCATCACCATTAAAGTCTCATGCAAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1755 bp · LXL04_022686|LXL04_022686|OH1004|CDS

ATGGGCGTTCGCGGGAATTTCTGGGATATACTTAAACCCTATGCGCGAACAGAAGGGTTCGATTTCTTAAGAAACAAAAGGGTCGCCATTGATCTATCGTATTGGATTGTTCAACATGAAACCGCAATTAAAGTTCACACTAGAAACCCTCATCTCAGACTCACTTTCTTCCGTACCATCAATCTATTCTCCAAGTTTGGTGCTTTTCCAGTATTCGTGGTAGATGGAACCCCATCACCATTAAAGTCTCATGCAAGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

584 aa · LXL04_022686|LXL04_022686|OH1004|PROTEIN

MGVRGNFWDILKPYARTEGFDFLRNKRVAIDLSYWIVQHETAIKVHTRNPHLRLTFFRTINLFSKFGAFPVFVVDGTPSPLKSHARIMRFFQASGIDLSSLPVSDGTSVERNKKFSKCVQECVELLDLFGMPVLKASGEAEGLCAQLNREGRVDACITSDSDAFLFGAKCIIKNIKPNSQEPFECYEMSDVEIGLGLKRKHLIAIGLLVGNDHDLKGVQGIGIETALSFVKSFNEDEVLDRLCGLGSGNMLPIAYEGDLV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022686`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022686

位置 Chr05:4789116-4791851 (-)

描述 Similar to GEN1: Flap endonuclease GEN-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01880`	核酸内切酶，在单链 DNA 和双链 DNA 之间的连接处切割瓣结构，在 5' 突出链中具有特定切割位点，恰好位于分支点 3' 的一个核苷酸处。	AtGEN1 and AtSEND1, two paralogs in Arabidopsis, possess holliday junction resolvase activity.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.237834

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0521900`	核酸内切酶，可在单链DNA与双链DNA的交界处切割翻盖结构。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022686 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0031297 replication fork processing 生物过程

GO:0071139 resolution of DNA recombination intermediates 生物过程

GO:0071140 resolution of mitotic recombination intermediates 生物过程

GO:0090267 positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01880

dpo:4814122

hsa:348654

mmu:209334

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.886

排名 1 · LXL04_022686 · OH-1004

细胞质0.186

排名 2 · LXL04_022686 · OH-1004

线粒体0.046

排名 3 · LXL04_022686 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_022686 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_022686 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00752.24XPG_N1-86 aa

PF00867.24XPG_I130-212 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022686	`PF00752.24`	XPG_N	1	86	9.5e-10	39.6
LXL04_022686	`PF00867.24`	XPG_I	130	212	2.8e-21	76.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPD2`	拟南芥	Flap endonuclease GEN-like 1	52.231%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q64MA3`	水稻	Flap endonuclease GEN-like 1	47.227%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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