LXL04_022646 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022646

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 3972908-3977436 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2760 bp · LXL04_022646|LXL04_022646|OH1004|cDNA

ATGGCTGTGATCAATTCTGTTTCGGGTGTGGATTCACAAAGAATCAACCAGATAAGGTATCCTGTTGTTGACACCTCAGAGATAACGATGAGTAgtcatgaaatctttgaagaAACACCACCTCCTAGAGAAGTTGAAGAAGATAAACTTTATGTAGCTGTGGGGAAGGATTTGAAAGAGAGTCAGTCAACTCTACTGTGGGCATTACGCAATTCAAGAGGCAGACAGATATGCATCCTTCATGTTCATCAACCTGCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2760 bp · LXL04_022646|LXL04_022646|OH1004|CDS

ATGGCTGTGATCAATTCTGTTTCGGGTGTGGATTCACAAAGAATCAACCAGATAAGGTATCCTGTTGTTGACACCTCAGAGATAACGATGAGTAGTCATGAAATCTTTGAAGAAACACCACCTCCTAGAGAAGTTGAAGAAGATAAACTTTATGTAGCTGTGGGGAAGGATTTGAAAGAGAGTCAGTCAACTCTACTGTGGGCATTACGCAATTCAAGAGGCAGACAGATATGCATCCTTCATGTTCATCAACCTGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

919 aa · LXL04_022646|LXL04_022646|OH1004|PROTEIN

MAVINSVSGVDSQRINQIRYPVVDTSEITMSSHEIFEETPPPREVEEDKLYVAVGKDLKESQSTLLWALRNSRGRQICILHVHQPANKIPIMGTKFRINQLETHQVAAYHEMEKQNMHKLLEKYKQICSNTGVNGEFHVVESDSIEKSIVEFIHDHNVRRLVMGAAADKHFSRKMVDLKSKKAIYVRLQASDTCRIQFICKGNLIFTRQERVVDGLNASLSSLSLQPNTNPDSGPSSLRSKSITEGQITRLPLTSPHQDY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022646`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022646

位置 Chr05:3972908-3977436 (-)

描述 Similar to PUB33: U-box domain-containing protein 33

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45910`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g49060`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g61560`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At5g51270`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0163000`	起E3泛素连接酶的作用。	MODD Mediates Deactivation and Degradation of OsbZIP46 to Negatively Regulate ABA Signaling and Drought Resistance in Rice.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00171

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022646 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45910

ath:AT3G49060

ath:AT5G61560

dosa:Os06g0163000

osa:4340220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.465

排名 1 · LXL04_022646 · OH-1004

细胞膜0.363

排名 2 · LXL04_022646 · OH-1004

细胞核0.288

排名 3 · LXL04_022646 · OH-1004

高尔基体0.056

排名 4 · LXL04_022646 · OH-1004

内质网0.049

排名 5 · LXL04_022646 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr606-817 aa

PF00069.32Pkinase610-798 aa

PF04564.22U-box849-918 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022646	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	606	817	3.4e-34	119.0
LXL04_022646	`PF00069.32`	Pkinase	610	798	9.3e-35	121.0
LXL04_022646	`PF04564.22`	U-box	849	918	2.8e-20	72.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUH1`	拟南芥	U-box domain-containing protein 33	46.046%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94A51`	拟南芥	U-box domain-containing protein 32	35.341%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKG5`	拟南芥	U-box domain-containing protein 51	40.227%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LU47`	拟南芥	Putative U-box domain-containing protein 53	40.750%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5WA76`	水稻	U-box domain-containing protein 70	44.149%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情