LXL04_022574 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022574

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 1716202-1724787 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3459 bp · LXL04_022574|LXL04_022574|OH1004|cDNA

ATGGAAGCGATGCATTTTGGAGCGAAATGGAGACAGTGGATTCGTGTTTGCCTCTCATCTGGTGCTATGTCAGTCCTAGTTAACGGATCCCCTACTAGTGAGTTTATGATGAGACAGGGCCTCAGACAAGGAGATCCAATATCTCCTCTGCTTTTTACCTTAGTGATGGAAGACCTGAGCTTAGCGATGAATAAAGCGGTCGAGAGGGGTGTCTTTAAAGACCTAAAAGTAGGTAACCAGAACTTTTCTATTTCTCACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3459 bp · LXL04_022574|LXL04_022574|OH1004|CDS

ATGGAAGCGATGCATTTTGGAGCGAAATGGAGACAGTGGATTCGTGTTTGCCTCTCATCTGGTGCTATGTCAGTCCTAGTTAACGGATCCCCTACTAGTGAGTTTATGATGAGACAGGGCCTCAGACAAGGAGATCCAATATCTCCTCTGCTTTTTACCTTAGTGATGGAAGACCTGAGCTTAGCGATGAATAAAGCGGTCGAGAGGGGTGTCTTTAAAGACCTAAAAGTAGGTAACCAGAACTTTTCTATTTCTCACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1152 aa · LXL04_022574|LXL04_022574|OH1004|PROTEIN

MEAMHFGAKWRQWIRVCLSSGAMSVLVNGSPTSEFMMRQGLRQGDPISPLLFTLVMEDLSLAMNKAVERGVFKDLKVGNQNFSISHLFFADDAVFIGEWELDNALSMIGIFMCFKKASGLQVNYHKSRLFGIGLDNEAVLNMANLLGCNAEKLPTIFLGIPIGENMKRTEKWQPIMENFHKKLSNWKAKTLSIGGRLTIVSNIMGGIPNYWLSLFPVLKAVSKGLENLRRDFFWGQKDDRKPIPWVKLDTACQQRKNGGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022574`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022574

位置 Chr05:1716202-1724787 (+)

描述 Similar to Dynamin-related protein 5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42080`	微管相关的产力蛋白，在胞质分裂过程中靶向形成细胞板的前缘。	The arabidopsis cell plate-associated dynamin-like protein, ADL1Ap, is required for multiple stages of plant growth and development.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.1.47 Members of the Arabidopsis dynamin-like gene family, ADL1, are essential for plant cytokinesis and polarized cell growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009670 Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a DRP1A is responsible for vascular continuity synergistically working with VAN3 in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.061689 Arabidopsis dynamin-like protein DRP1A: a null mutant with widespread defects in endocytosis, cellulose synthesis, cytokinesis, and cell expansion.2008 · DOI: 10.1093/jxb/erm324 Comparison of the dynamics and functional redundancy of the Arabidopsis dynamin-related isoforms DRP1A and DRP1C during plant development.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116863 Arabidopsis dynamin-related protein DRP2B is co-localized with DRP1A on the leading edge of the forming cell plate.2008 · DOI: 10.1007/s00299-008-0583-0 Arabidopsis dynamin-related protein 1A polymers bind, but do not tubulate, liposomes.2010 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.02.070 Arabidopsis dynamin-related proteins DRP2B and DRP1A participate together in clathrin-coated vesicle formation during endocytosis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913562107 High lipid order of Arabidopsis cell-plate membranes mediated by sterol and DYNAMIN-RELATED PROTEIN1A function.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12674 Arabidopsis D6PK is a lipid domain-dependent mediator of root epidermal planar polarity.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.162 DRP1-Dependent Endocytosis is Essential for Polar Localization and Boron-Induced Degradation of the Borate Transporter BOR1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw121 SH3 Domain-Containing Protein 2 Plays a Crucial Role at the Step of Membrane Tubulation during Cell Plate Formation.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00108
`At3g61760`	微管相关的产生力蛋白，在细胞分裂期间定位于新形成细胞板的前沿。	暂无已核实直接文献
`At3g60190`	微管相关的产生力蛋白，在细胞分裂过程中定位于形成中的细胞板的管-泡网络。	Members of the Arabidopsis dynamin-like gene family, ADL1, are essential for plant cytokinesis and polarized cell growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009670 Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010036 response to boron-containing substance 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0048480 stigma development 生物过程

GO:0048766 root hair initiation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60190

ath:AT3G61760

ath:AT5G42080

gmx:100037461

gmx:547855

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.663

排名 1 · LXL04_022574 · OH-1004

细胞核0.243

排名 2 · LXL04_022574 · OH-1004

细胞膜0.160

排名 3 · LXL04_022574 · OH-1004

线粒体0.065

排名 4 · LXL04_022574 · OH-1004

高尔基体0.053

排名 5 · LXL04_022574 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00078.33RVT_16-160 aa

PF13966.12zf-RVT441-517 aa

PF00350.30Dynamin_N580-755 aa

PF01031.26Dynamin_M763-1031 aa

PF02212.24GED1056-1148 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022574	`PF00078.33`	RVT_1	6	160	3.9e-11	43.9
LXL04_022574	`PF13966.12`	zf-RVT	441	517	3.3e-18	66.8
LXL04_022574	`PF00350.30`	Dynamin_N	580	755	6.7e-56	189.6
LXL04_022574	`PF01031.26`	Dynamin_M	763	1031	7.6e-66	222.9
LXL04_022574	`PF02212.24`	GED	1056	1148	4.8e-20	72.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42697`	拟南芥	Phragmoplastin DRP1A	82.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84XF3`	拟南芥	Phragmoplastin DRP1B	82.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNX5`	拟南芥	Phragmoplastin DRP1E	67.267%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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