LXL04_022567 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022567

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 1660531-1664421 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3228 bp · LXL04_022567|LXL04_022567|OH1004|cDNA

ATGGAAGCTTTAAAATCTTCGTTCCTAAACCCAACTCCATTGAACTCTCACTCTTCAAAATACCCCCTTCACCTCAAATCCTCATCTATCATCATCTCCTGTTCAGGGAAAGTCTCCCCTGACCCATGGTCTCTGAGCGAtggcaacaacaacaacaaaccaaaaccaaaatcaaaaaaCCGAAAAAACCCTCTTTCAGACGACAATGCACGCCGCATCATCAAAGGCAAAGCGCGTTACTTAAGCGCGTTGAGGCGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3228 bp · LXL04_022567|LXL04_022567|OH1004|CDS

ATGGAAGCTTTAAAATCTTCGTTCCTAAACCCAACTCCATTGAACTCTCACTCTTCAAAATACCCCCTTCACCTCAAATCCTCATCTATCATCATCTCCTGTTCAGGGAAAGTCTCCCCTGACCCATGGTCTCTGAGCGATGGCAACAACAACAACAAACCAAAACCAAAATCAAAAAACCGAAAAAACCCTCTTTCAGACGACAATGCACGCCGCATCATCAAAGGCAAAGCGCGTTACTTAAGCGCGTTGAGGCGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1075 aa · LXL04_022567|LXL04_022567|OH1004|PROTEIN

MEALKSSFLNPTPLNSHSSKYPLHLKSSSIIISCSGKVSPDPWSLSDGNNNNKPKPKSKNRKNPLSDDNARRIIKGKARYLSALRRNQGSRALTPAWIKRSPEQMIQYLEDDRNGHLYGRHVVAAIQRVRGLSGLPDGSYDMRRVMASFVTKLTFREMCTVLKEQRNWRQVRDFLAWMKLQVPLSTFSKLTYRPSVIVYTLVLRTYGQAGKIKLAEETFLEMLEAGCEPDEVACGTMLCAYAKWGRHNSMLSFHSALQER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022567`
TK1151 ID	TkA06G476040
OH-1004 ID	LXL04_022567
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	84.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022567

位置 Chr05:1660531-1664421 (-)

描述 Similar to EMB976: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27270

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27270`	含五重复肽的蛋白质 At5g27270。	暂无已核实直接文献
`At4g31850`	在稳定编码细胞色素 b6-f 复合物亚基的 petL 操纵子的初级多顺反子转录本中发挥作用。	PPR motifs of the nucleus-encoded factor, PGR3, function in the selective and distinct steps of chloroplast gene expression in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02035.x
`At3g06920`	含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程

GO:0032544 plastid translation 生物过程

GO:0043489 RNA stabilization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31850

ath:AT5G27270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.556

排名 1 · LXL04_022567 · OH-1004

质体0.284

排名 2 · LXL04_022567 · OH-1004

细胞核0.072

排名 3 · LXL04_022567 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_022567 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_022567 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3193-230 aa

PF13041.13PPR_2194-243 aa

PF23276.3TPR_24200-330 aa

PF17177.11PPR_long288-423 aa

PF13041.13PPR_2302-349 aa

PF12854.14PPR_1302-331 aa

PF01535.27PPR305-335 aa

PF13812.13PPR_3360-421 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022567	`PF13812.13`	PPR_3	193	230	4.5e-46	155.5
LXL04_022567	`PF13041.13`	PPR_2	194	243	2.3e-88	290.9
LXL04_022567	`PF23276.3`	TPR_24	200	330	5.9e-30	104.6
LXL04_022567	`PF17177.11`	PPR_long	288	423	6.5e-26	91.7
LXL04_022567	`PF13041.13`	PPR_2	302	349	2.3e-88	290.9
LXL04_022567	`PF12854.14`	PPR_1	302	331	1.3e-34	118.3
LXL04_022567	`PF01535.27`	PPR	305	335	4.3e-79	256.1
LXL04_022567	`PF13812.13`	PPR_3	360	421	4.5e-46	155.5
LXL04_022567	`PF29070.1`	MSC6_N	361	469	1.1e-26	94.5
LXL04_022567	`PF13041.13`	PPR_2	372	409	2.3e-88	290.9
LXL04_022567	`PF01535.27`	PPR	376	403	4.3e-79	256.1
LXL04_022567	`PF13041.13`	PPR_2	408	452	2.3e-88	290.9
LXL04_022567	`PF29070.1`	MSC6_N	649	847	1.1e-26	94.5
LXL04_022567	`PF13041.13`	PPR_2	720	762	2.3e-88	290.9
LXL04_022567	`PF23276.3`	TPR_24	758	883	5.9e-30	104.6
LXL04_022567	`PF13812.13`	PPR_3	774	834	4.5e-46	155.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04647`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27270	50.886%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZ52`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic	21.474%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M907`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920	21.839%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	22.688%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	22.876%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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