LXL04_022469 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022469

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 151027014-151036559 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1950 bp · LXL04_022469|LXL04_022469|OH1004|cDNA

ATGTCGTCTTTGGACCCAAGTGGATGCAAGAAAAGGAAGAGAGTGGAGAGGGTGTTTAAATTCAAGGCGTTTGGGGAACAAGGGTATCCAATAGAGAGTTGTGGCACCTTCCGTGATAATGTGAAGGCCCTTTTGGAATATGGAAACGTAGAAATGGCATTCGTGAATGGAATGACATTCTGGTCGTTTCAGCTTGAAGTCCATCGCCACCCTCCTTCTCATGTCTTGTTATTTGTTGTGGAAGAGTCAGTTGAAGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · LXL04_022469|LXL04_022469|OH1004|CDS

ATGTCGTCTTTGGACCCAAGTGGATGCAAGAAAAGGAAGAGAGTGGAGAGGGTGTTTAAATTCAAGGCGTTTGGGGAACAAGGGTATCCAATAGAGAGTTGTGGCACCTTCCGTGATAATGTGAAGGCCCTTTTGGAATATGGAAACGTAGAAATGGCATTCGTGAATGGAATGACATTCTGGTCGTTTCAGCTTGAAGTCCATCGCCACCCTCCTTCTCATGTCTTGTTATTTGTTGTGGAAGAGTCAGTTGAAGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · LXL04_022469|LXL04_022469|OH1004|PROTEIN

MSSLDPSGCKKRKRVERVFKFKAFGEQGYPIESCGTFRDNVKALLEYGNVEMAFVNGMTFWSFQLEVHRHPPSHVLLFVVEESVEASLNRHCKHCIYVGWGDHMICNKKYHFLIPSKDTMAAFLSYEGNGSSIVMGKLNFVELNGHTMHGVLHSNGFGHLLCVNGLEMGSDLAGHLVMEFWNRLCACLQARKVSLIDLAKQKSMDLRLLHGVAYGQSWFGHWGYHFGRGSFGVTQQMYQKALDALQNIPLCIVAQNIGTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022469`
TK1151 ID	TkA05G470440
OH-1004 ID	LXL04_022469
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.243 / OH-1004 32.666 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022469

位置 Chr04:151027014-151036559 (-)

描述 Similar to MS1: PHD finger protein MALE STERILITY 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22260`	参与花药和减数分裂后花粉发育及成熟所需的转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At1g66170`	雄性减数分裂期间染色体组织和进展所需的可能转录因子。	The Arabidopsis MALE MEIOCYTE DEATH1 gene encodes a PHD-finger protein that is required for male meiosis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.010447 The DUET gene is necessary for chromosome organization and progression during male meiosis in Arabidopsis and encodes a PHD finger protein.2003 · DOI: 10.1242/dev.00827 The PHD Finger Protein MMD1/DUET Ensures the Progression of Male Meiotic Chromosome Condensation and Directly Regulates the Expression of the Condensin Gene CAP-D3.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00040 Cell-type-dependent histone demethylase specificity promotes meiotic chromosome condensation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41477-020-0697-0
`At2g01810`	PHD 指蛋白 At2g01810。	暂无已核实直接文献
`At1g33420`	PHD指蛋白At1g33420。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0449000`	绒毡层程序性细胞死亡和退化以及花药花粉发育所需的可能转录激活剂。	PERSISTENT TAPETAL CELL1 encodes a PHD-finger protein that is required for tapetal cell death and pollen development in rice.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.175760

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022469 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007060 male meiosis chromosome segregation 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0022414 reproductive process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G33420

ath:AT1G66170

ath:AT2G01810

ath:AT5G22260

dosa:Os09g0449000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.925

排名 1 · LXL04_022469 · OH-1004

细胞质0.119

排名 2 · LXL04_022469 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 3 · LXL04_022469 · OH-1004

内质网0.024

排名 4 · LXL04_022469 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_022469 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27744.1MS1_N205-248 aa

PF27748.1MS1_C261-297 aa

PF25874.1WHD_plant_repro316-394 aa

PF25565.2Ubiquitin_At1g33420481-570 aa

PF20826.3PHD_5591-638 aa

PF00628.36PHD594-638 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022469	`PF27744.1`	MS1_N	205	248	8.1e-25	87.3
LXL04_022469	`PF27748.1`	MS1_C	261	297	1.8e-08	34.4
LXL04_022469	`PF25874.1`	WHD_plant_repro	316	394	3.8e-34	117.1
LXL04_022469	`PF25565.2`	Ubiquitin_At1g33420	481	570	3.4e-21	75.6
LXL04_022469	`PF20826.3`	PHD_5	591	638	8.7e-06	26.4
LXL04_022469	`PF00628.36`	PHD	594	638	2.8e-08	34.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMS5`	拟南芥	PHD finger protein MALE STERILITY 1	50.825%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X6Y7`	拟南芥	PHD finger protein MALE MEIOCYTE DEATH 1	34.763%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZUA9`	拟南芥	PHD finger protein At2g01810	30.294%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C810`	拟南芥	PHD finger protein At1g33420	33.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q67V61`	水稻	PHD finger protein PERSISTENT TAPETAL CELL 1	44.412%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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