LXL04_022413 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022413

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 149734019-149736388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2370 bp · LXL04_022413|LXL04_022413|OH1004|cDNA

ATGTTGCCTCCTCTCATCAGGTTAGCGTCTTGCCGTAATTTGGTAAAAAAATCCTTAAATCTCTGTTCTTTATCCGTTTCATCGCTTGTACAGTCACCCTGTTCCGATGCGTCAGACTCATCTTCTGATGATAACAATACCAATTTGCTTTCTCGACCGCTTGATAAACTCGATAAGTTTGAAGTTATCGAAACCTTGCACAAGTTAAACAGAGAACCCAACATTGCGCTATCATTTATTACGCAACTGAAAGAATCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2370 bp · LXL04_022413|LXL04_022413|OH1004|CDS

ATGTTGCCTCCTCTCATCAGGTTAGCGTCTTGCCGTAATTTGGTAAAAAAATCCTTAAATCTCTGTTCTTTATCCGTTTCATCGCTTGTACAGTCACCCTGTTCCGATGCGTCAGACTCATCTTCTGATGATAACAATACCAATTTGCTTTCTCGACCGCTTGATAAACTCGATAAGTTTGAAGTTATCGAAACCTTGCACAAGTTAAACAGAGAACCCAACATTGCGCTATCATTTATTACGCAACTGAAAGAATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

789 aa · LXL04_022413|LXL04_022413|OH1004|PROTEIN

MLPPLIRLASCRNLVKKSLNLCSLSVSSLVQSPCSDASDSSSDDNNTNLLSRPLDKLDKFEVIETLHKLNREPNIALSFITQLKESGFKHDVVTYMAIVRFLCHWGMDIRLDSMFKDVIDNNNRKLLSFEISDLCDALIEEAEMEGMEKLTKAIDVLVKVYASVGRFEEAIDIFYKIKRGKLVLSTRTCNYLMNQLIEFGKLDMVESVYRQLKMKGLIPNVYTFGILIKALCRKGSWKEAIVVFTQMKEAGVESNAFTFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022413`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022413

位置 Chr04:149734019-149736388 (+)

描述 Similar to At2g26790: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26790`	含有五肽重复序列的蛋白 At2g26790，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g13800`	推测含五肽重复序列蛋白 At1g13800。	暂无已核实直接文献
`At5g01110`	含五聚体肽重复的蛋白 At5g01110。	暂无已核实直接文献
`At1g64100`	含五聚肽重复结构的蛋白 At1g64100。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022413 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13800

ath:AT2G26790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.838

排名 1 · LXL04_022413 · OH-1004

质体0.086

排名 2 · LXL04_022413 · OH-1004

细胞核0.050

排名 3 · LXL04_022413 · OH-1004

细胞质0.038

排名 4 · LXL04_022413 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_022413 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N142-239 aa

PF29070.1MSC6_N183-281 aa

PF13041.13PPR_2186-233 aa

PF23276.3TPR_24197-314 aa

PF13812.13PPR_3208-264 aa

PF12854.14PPR_1215-248 aa

PF01535.27PPR222-252 aa

PF13041.13PPR_2226-267 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022413	`PF29070.1`	MSC6_N	142	239	1.2e-33	117.5
LXL04_022413	`PF29070.1`	MSC6_N	183	281	1.2e-33	117.5
LXL04_022413	`PF13041.13`	PPR_2	186	233	2.4e-136	444.5
LXL04_022413	`PF23276.3`	TPR_24	197	314	7.3e-46	156.1
LXL04_022413	`PF13812.13`	PPR_3	208	264	1.9e-64	214.3
LXL04_022413	`PF12854.14`	PPR_1	215	248	4.5e-109	356.5
LXL04_022413	`PF01535.27`	PPR	222	252	3.6e-96	309.6
LXL04_022413	`PF13041.13`	PPR_2	226	267	2.4e-136	444.5
LXL04_022413	`PF17177.11`	PPR_long	240	360	9.8e-29	101.0
LXL04_022413	`PF12854.14`	PPR_1	251	280	4.5e-109	356.5
LXL04_022413	`PF13041.13`	PPR_2	261	303	2.4e-136	444.5
LXL04_022413	`PF29070.1`	MSC6_N	266	454	1.2e-33	117.5
LXL04_022413	`PF13812.13`	PPR_3	279	335	1.9e-64	214.3
LXL04_022413	`PF13041.13`	PPR_2	290	338	2.4e-136	444.5
LXL04_022413	`PF23276.3`	TPR_24	313	418	7.3e-46	156.1
LXL04_022413	`PF12854.14`	PPR_1	321	353	4.5e-109	356.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81028`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial	35.917%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMH5`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13800	32.304%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFC5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g01110	25.968%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SH60`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g64100	25.938%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	26.768%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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