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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022410
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 149654444-149664850 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

6279 bp · LXL04_022410|LXL04_022410|OH1004|cDNA

ATGGAAGGAGAATTACCTCCAACTCCTATTAATCCGTCATCCAATATAGAGATTTCCAATCCTCTATATCTTGCATCTTCTGATAATCCAAGTACCGTTCTCGTATCAAAAGTCTTTGATGGCACTGGCTTTGCTTCGTGGAAGAGATCGATGACTCTTGCTCTTTCAGCTAAAAACAAAATGAGCTTCATTGATGGTTCTATTGAAGTTCCAGATGTTACCTCCACGACATTTCATAACTGGAACAGAGTTAATTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

6279 bp · LXL04_022410|LXL04_022410|OH1004|CDS

ATGGAAGGAGAATTACCTCCAACTCCTATTAATCCGTCATCCAATATAGAGATTTCCAATCCTCTATATCTTGCATCTTCTGATAATCCAAGTACCGTTCTCGTATCAAAAGTCTTTGATGGCACTGGCTTTGCTTCGTGGAAGAGATCGATGACTCTTGCTCTTTCAGCTAAAAACAAAATGAGCTTCATTGATGGTTCTATTGAAGTTCCAGATGTTACCTCCACGACATTTCATAACTGGAACAGAGTTAATTCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

2092 aa · LXL04_022410|LXL04_022410|OH1004|PROTEIN

MEGELPPTPINPSSNIEISNPLYLASSDNPSTVLVSKVFDGTGFASWKRSMTLALSAKNKMSFIDGSIEVPDVTSTTFHNWNRVNSMVISWLLNSLSKDIAESVLFLQTAKEIWSEINQRYDQANGSLIYQIQQQLFSTSQGFDDFSTYFTKMKKIWDELNMIQEIPSCTCGTATKFKKFIEEQRCTWVHLLKNKGGAFSVIQAFGKQIQVQFNTMIKTIRSDNAFELRSSNEGTKYFESVEVSRALFFQSGLGKAYWGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022410
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022410
位置Chr04:149654444-149664850 (+)
描述Similar to VIII-1: Myosin-1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19960 肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。 暂无已核实直接文献
At1g50360 肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。 暂无已核实直接文献
At5g54280 肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。 暂无已核实直接文献
At4g27370 肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。 暂无已核实直接文献
At5g43900 肌球蛋白重链，是细胞周期调节的各种细胞器和蛋白质分离所需的重链。
Peroxisomal localization of a myosin XI isoform in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci085
Two class XI myosins function in organelle trafficking and root hair development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.113654
A comparative study of the involvement of 17 Arabidopsis myosin family members on the motility of Golgi and other organelles.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136853
Myosin XIK is a major player in cytoplasm dynamics and is regulated by two amino acids in its tail.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err265

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022410 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0007015 actin filament organization 生物过程
GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程
GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程
GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程
GO:0048467 gynoecium development 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0051645 Golgi localization 生物过程
GO:0051646 mitochondrion localization 生物过程
GO:0060151 peroxisome localization 生物过程
GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50360
ath:AT3G19960
ath:AT4G27370
ath:AT5G43900
ath:AT5G54280
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574
排名 1 · LXL04_022410 · OH-1004
细胞核0.321
排名 2 · LXL04_022410 · OH-1004
质体0.128
排名 3 · LXL04_022410 · OH-1004
细胞膜0.060
排名 4 · LXL04_022410 · OH-1004
过氧化物酶体0.055
排名 5 · LXL04_022410 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14244.13Retrotran_gag_326-71 aa
PF14223.15Retrotran_gag_251-165 aa
PF25597.2SH3_retrovirus301-361 aa
PF07727.20RVT_2520-628 aa
PF07727.20RVT_2633-704 aa
PF25369.2SH3_VIII-1_N1062-1105 aa
PF00063.28Myosin_head1113-1771 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022410PF14244.13Retrotran_gag_326712.6e-1866.2
LXL04_022410PF14223.15Retrotran_gag_2511656.1e-0626.8
LXL04_022410PF25597.2SH3_retrovirus3013613.3e-1969.1
LXL04_022410PF07727.20RVT_25206285.8e-51174.2
LXL04_022410PF07727.20RVT_26337045.8e-51174.2
LXL04_022410PF25369.2SH3_VIII-1_N106211059.1e-1864.1
LXL04_022410PF00063.28Myosin_head111317713e-232773.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LHE9拟南芥Myosin-168.969%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4I507拟南芥Myosin-368.407%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4K0A6拟南芥Myosin-253.266%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4JIU4拟南芥Myosin-449.325%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LKB9拟南芥Myosin-640.791%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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